Российские исследователи полностью просеквенировали геном 35 образцов лекарственно-устойчивого золотистого стафилококка, выделенных из готовой пищи по всей стране — от Пскова до Камчатки. Выяснилось, что 40 процентов изолятов содержат хотя бы один ген энтеротоксина, а 70 процентов метициллин-резистентных штаммов обладают геном токсина, способного вызывать тяжелое заболевание и синдром токсического шока, что представляет значимую опасность для общественного здоровья. Отчет о работе опубликован в журнале Foods.
Безопасность продуктов питания — фундаментальная проблема общественного здравоохранения, поскольку пищевые инфекции занимают значительное место в структуре заболеваемости и смертности по всему миру. Золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus) занимает третье место среди пищевых патогенов по частоте встречаемости, может выживать в широком спектре условий, расти на многих видах продуктов и сравнительно легко вырабатывает лекарственную устойчивость. Особую опасность в качестве его источника представляет готовая пища, поскольку ее употребляют без предварительной термической обработки.
Сотрудники Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора под руководством Игоря Манзенюка выделили стафилококк из образцов готовой пищи, собранных в 2019–2020 годах в кафе и ресторанах 20 регионов силами восьми федеральных центров гигиены и эпидемиологии: московского, петербуржского, нижегородского, екатеринбуржского, ростовского, ставропольского, новосибирского и хабаровского.
Изоляты возбудителя подвергли тесту на антибиотикоустойчивость и отобрали для дальнейшего анализа резистентные к двум и более препаратам разных групп (аминогликозиды, бета-лактамы, фторхинолоны, гликопептиды, линкозамиды, тетрациклины, фосфомицин, фузидиевая кислота, триметоприм/сульфаметоксазол и линезолид). Всего было отобрано 35 изолятов: 11 — из мяса и птицы, 10 — из салатов, 6 — из рыбы (включая роллы), остальные 8 — из картофеля, круп, супа, йогурта, омлета и хлеба.
У всех этих штаммов полностью секвенировали геном и типировали их на основе мультилокусных последовательностей (MLST), по стафилококковому протеину А (spa) и регуляторному гену agr. Выраженной корреляции между географическим происхождением образцов и результатами типирования не наблюдалось. Доминировала линия клонального комплекса CC22 (10 изолятов из пяти европейских регионов). CC30 также зафиксированы только в европейской части России, CC45 — на Дальнем Востоке, а CC5, CC97 и ST7 — в различных отдаленных друг от друга областях.
11 образцов представляли собой метициллин-резистентные штаммы (MRSA), которые отличались друг от друга дополнительной устойчивостью к тетрациклину или клиндамицину, в некоторых случаях к этим препаратам присоединялись линезолид, ципрофлоксацин или цефокситин. Один из этих возбудителей (Crie-F374, ST398), обнаруженный в свиных котлетах в Вологде, обладал множественной лекарственной устойчивостью, не поддаваясь действию гентамицина, триметоприма/сульфаметоксазола, клиндамицина и тетрациклина. У него обнаружили 11 генов антибиотикоустойчивости, в то время как у остальных MRSA их набор как правило ограничивался blaZ и mecA, иногда с дополнительным вариантом inu, erm, cat, tet, dfr или fex.
В общей сумме в изученных образцах выявили 116 генов вирулентности. В числе их продуктов молекулы адгезии к межклеточному матриксу семейства MSCRAMM, инструменты избегания иммунитета хозяина (гены ads, coa, spa, sbi и VWbp), разнообразные токсины (энтеротоксины, бета-гемолизин, лейкотоксин), ферменты для формирования биопленок (icaA-D, icaR) и биосинтеза капсулы (cap8), а также регуляторные белки. Как минимум один ген энтеротоксина (sea, sec, sed или sel) содержали 40 процентов изолятов. 10 из них обладали геном sea, обеспечивающим высокую выживаемость стафилококка in vivo и предрасполагающим к тяжелому течению заболевания (вплоть до сепсиса и шока). У такого же количества штаммов обнаружили ген tsst-1, отвечающий за развитие синдрома токсического шока.
Авторы работы выразили надежду, что полученные результаты облегчат дальнейшее изучение эпидемиологии пищевых инфекций и помогут в разработке соответствующих профилактических мер.
В 2019 году американские исследователи изучили геномы S. aureus и почвенной бактерии Bacillus cereus, выделенных на Международной космической станции. Выяснилось, что эти бактерии не отличаются особо опасными мутациями.
Великобритания опередила их ровно на три недели
Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств США (FDA) одобрила к применению терапию серповидноклеточной анемии, основанную на системе редактирования генов CRISPR, говорится в пресс-релизе ведомства. Страна стала второй в мире, разрешившей клиническое использование подобной технологии, после Великобритании, которая приняла такое же решение тремя неделями ранее. Препарат эксагамглоген аутотемцел (экса-цел, exa-cel, торговое название Casgevy) разработан компаниями CRISPR Therapeutics и Vertex Pharmaceuticals и предназначен пациентам в возрасте 12 лет и старше. Для его применения у пациента забирают кроветворные стволовые клетки костного мозга, в лаборатории с помощью экса-цела выключают в них ген BCL11A и вводят обратно в организм. После такой модификации костный мозг начинает вырабатывать фетальный гемоглобин, который берет на себя функции дефектного. Одновременно с экса-целом FDA одобрило генную терапию серповидноклеточной анемии препаратом ловотибеглоген аутотемцел (лово-цел, lovo-cel, торговое название Lyfgenia), созданным биотехнологической компанией Bluebird bio. При его назначении также используют забранные у пациента стволовые клетки костного мозга и с помощью вирусного вектора вводят в них рабочие копии модифицированного гена бета-глобина (βA-T87Q). Возвращенные в организм, такие клетки продуцируют функциональный анти-серповидный гемоглобин AT87Q, который частично замещает патологический гемоглобин S и нормализует форму эритроцитов. Процесс лечения и экса-целом, и лово-целом занимает несколько месяцев, но он необходим лишь однократно.