За него отвечают два гена
Британские исследователи проанализировали структуру клеточной стенки метициллин-резистентного золотистого стафилококка и пришли к выводу, что гены устойчивости позволяют ему в присутствии антибиотиков делиться альтернативным способом с другой архитектурой стенки. Отчет о работе опубликован в журнале Science, там же ей посвящена редакционная статья.
После массового применения бета-лактамного пенициллина в 1940–50-х годах у золотистого стафилококка (Staphylococcus aureus) начали быстро распространяться устойчивые штаммы за счет выработки бета-лактамаз. Для борьбы с ними в 1959 году был внедрен метициллин — производное пенициллина, которое не разрушается этим ферментом. Однако уже в следующем десятилетии были зарегистрированы инфекции, вызванные метициллин-резистентным золотистым стафилококком (MRSA), и в настоящее время он представляет собой одну из наиболее опасных антибиотикоустойчивых бактерий, уносящую более 100 тысяч жизней в год.
Бета-лактамные антибиотики действуют, блокируя пенициллинсвязывающие белки (PBP) — ферменты, отвечающие за сборку пептидогликанов клеточной стенки бактерий. У золотистого стафилококка их четыре, но только PBP1 и PBP2 критичны для построения клеточной стенки. MRSA обладает несвойственным его виду вариантом PBP2a с низкой аффинностью к большинству бета-лактамов, который получен от других видов стафилококка, кодируется геном mecA и горизонтально переносится генетическими кассетами SCCmec разных типов. Он может выполнять транспептидазные функции PBP2, но не PBP1. Такое приспособление обеспечивает защиту от невысоких концентраций метициллина, однако примерно у одной из 10 тысяч клеток MRSA устойчивость крайне высока за счет дополнительных мутаций в потенциирующих генах (pot), в том числе кодирующих субъединицы РНК-полимеразы (rpo*), и в присутствии антибиотика эти клетки подвергаются положительному отбору.
Саймон Фостер (Simon Foster) из Шеффилдского университета с коллегами воспользовались атомно-силовой микроскопией (АСМ) высокого разрешения, чтобы исследовать структуру клеточной стенки антибиотикочувствительного штамма золотистого стафилококка (MSSA) и того же штамма, снабженного геном mecA (то есть ставшим MRSA). В отсутствие антибиотиков у обеих бактерий пептидогликаны наружной поверхности имели крупноячеистую сетчатую структуру с большими порами, а с внутренней, где они синтезируются, формировали значительно более плотную сеть. При образовании новой стенки, служащей перегородкой дочерних клеток при делении, ее наружные пептидогликаны складывались в характерные концентрические окружности.
Под действием 1,5 микрограмма метициллина на миллилитр среды, что немного меньше минимальной подавляющей концентрации (МПК) для обычного MRSA, в стенке MSSA появлялись крупные отверстия и клетка погибала. У mecA+ MRSA в этих условиях в перегородке между клетками наружные пептидогликаны не формировали концентрическую структуру, а представляли собой плотную однородную сеть, при этом толщина стенки снижалась. Такая же утрата концентрических окружностей с формированием плотной сети наблюдалась у высокоустойчивого штамма MRSA, несущего мутацию rpoB* помимо гена mecA, при концентрации антибиотика 25 микрограмм на миллилитр (смертельной для MSSA и mecA+ MRSA), однако у него стенка утолщалась с образованием дополнительной выпуклости посередине. Аналогичные паттерны формирования стенки в присутствии антибиотика демонстрировали различные клинически значимые высокоустойчивые штаммы MRSA с разными типами SCCmec.
Выяснив это, авторы работы, экспериментируя с различными штаммами золотистого стафилококка, провели систематическое исследование молекулярных механизмов обычного (в отсутствие антибиотиков) и альтернативного (в их присутствии у устойчивых штаммов) способов деления клеток. Они выяснили, что за рост концентрических структур пептидогликанов в процессе деления отвечает только чувствительный к метициллину PBP1. Мутация rpoB может компенсировать траспептидазную активность этого белка, и именно она отвечает за формирование плотной сети пептидогликанов. В комбинации с замещением активности PBP2 устойчивым PBP2a это исключает необходимость в чувствительных PBP1 и PBP2, обеспечивая альтернативный способ деления и высокую резистентность к метициллину. Аналогично мутантному rpoB может действовать pot мутация гена rel, который отвечает за стрессовую реакцию бактерий на дефицит нутриентов, и обе этих мутации повышают концентрацию в клетке алармона гуанозинтетрафосфата.
В завершение авторы работы показали, что некоторые соединения могут вернуть MRSA чувствительность к метициллину в культуре при определенных мутациях: кломифен и спермин — при mecA+ pbp2* и mecA+ pbp2* rpoB*, но не pbp1* rpoB*; норгестимат — pbp1* rpoB* и mecA+ pbp2*, но не mecA+ pbp2* rpoB*, эпикатехина галлат — при всех трех. Имеет ли это клиническое значение, а также используют ли другие бактерии альтернативный синтез клеточной стенки при делении в присутствии антибиотиков, предстоит выяснить в дальнейших исследованиях.
Ранее было показано, что кожа людей может противостоять проникновению MRSA за счет выработки интерлейкина-8, из-за чего он может быть комменсалом в кожной микробиоте, а гаплонедостаточность гена OTULIN, напротив, предрасполагает к тяжелым стафилококковым инфекциям. При этом бета-лактамный цефалоспорин пятого поколения цефтобипрол пока сохраняет активность в отношении MRSA.
У каждого второго малоизученного транскрипционного фактора нашли предпочтения к ДНК
Биологи существенно расширили словарь последовательностей ДНК, с которыми связываются белки — регуляторы транскрипции, благодаря проекту консорциума Codebook/GRECO-BIT. В результате более четырех тысяч экспериментов им удалось найти для 177 из 332 белков последовательности, по которым те узнают нужные участки ДНК. По оценке авторов, их данные добавили порядка ста ранее неизвестных мотивов — это примерно на 15 процентов расширило уже известный набор. Результаты работы опубликованы в пяти статьях, главная из которых вышла в журнале Nature.