Палеогенетики прочитали древнейший геном из Южной Африки

Палеогенетики прочитали геномы 13 жителей Южной Африки, в том числе древнейший на сегодняшний день геном южного африканца, который жил около десяти тысяч лет назад. Ученые пришли к выводу, что генофонд популяции охотников-собирателей этого региона на протяжении почти всей эпохи голоцена оставался стабильным, а поток генов из других частей Африки начался не раньше 1300 лет назад — после так называемой миграции банту. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Ecology & Evolution.

Хотя сегодня счет древних геномов идет уже на тысячи, некоторые регионы остаются до сих пор практически не исследованы с этой точки зрения. В частности Африка, где из-за климатических условий ДНК в останках обычно очень быстро разрушается. Тем не менее иногда даже здесь встречаются памятники, сохранность материалов которых позволяет прочитать древние геномы. В первую очередь это касается Северной Африки, из которой, например, известны несколько геномов возрастом около 14–15 тысяч лет.

Гораздо хуже обстоят дела с генетической историей популяций, которые проживали на юге Африки. Редкий случай, когда ДНК удалось выделить из древних и старинных останков жителей этого региона, произошел в 2017 году. Тогда палеогенетики прочитали три генома древних охотников-собирателей, умерших около двух тысяч лет назад, и четыре генома людей, живших примерно 300–500 лет назад. Среди прочего, эта работа позволила определить, что предки койсанских народов отделились от остальных людей около 300 тысяч лет назад. Однако эта оценка остается спорной: другие модели предполагают, что африканские популяции разделились позже.

В новой статье ученые из Австралии, Германии, Испании и ЮАР во главе с Йоханнесом Краузе (Johannes Krause) и Штефаном Шиффельсом (Stephan Schiffels) из Института эволюционной антропологии Общества Макса Планка сообщили, что прочитали еще 13 древних и старинных геномов из Южной Африки. Девять из них принадлежали людям, останки которых раскопали под скальным навесом Окхерст, где в общей сложности археологи нашли кости как минимум 46 индивидов.

Радиоуглеродный анализ показал, что эти люди жили между 10 и 1,3 тысячи лет назад, то есть среди них был человек, геном которого древнейший на данный момент в Южной Африке. По словам исследователей, во всех 13 случаях они сумели выяснить пол индивидов, в девяти случаях — определить их митохондриальные гаплогруппы и в пяти случаях — Y-хромосомные гаплогруппы. И материнские, и отцовские линии, выявленные у этих людей, распространены в современных популяциях, говорящих на койсанских языках (это, например, бушмены и готтентоты).

Индивиды из памятника Окхерст, по данным ученых, подобно современным койсанским популяциям, генетически заметно отличались от всех остальных людей. Причем исследователи отметили, что ближе всего большинство проанализированных древних охотников-собирателей были к южным группам современных койсанов. Однако самый древний индивид, живший около десяти тысяч лет назад, генетически немного отличался от остальных людей из памятника Окхертс. Если остальные восемь человек образовали плотный кластер, близкий к южным группам современных койсанов, то этот отклонялся в сторону северных популяций. Тем не менее в целом древние люди из памятника Окхерст генетически близки к современным койсанам, которые до сих пор проживают относительно недалеко от этого скального навеса.

Ученые также проанализировали древние геномы из памятника Окхерст на предмет возможной примеси от популяций, происходивших из Восточной, Центральной и Западной Африки. Ни в одном из геномов этого вклада они не обнаружили. По мнению палеогенетиков, это говорит о том, что поток генов к предкам современных койсанов со стороны бантуговорящего населения начался не раньше, чем 1300 лет назад. При этом у всех современных койсанов генетики выявили около девяти процентов примеси от популяций, происходивших из-за пределов Южной Африки, в том числе из Европы.

Авторы исследования заключили, что на протяжении почти всей эпохи голоцена генофонд южноафриканских охотников-собирателей оставался стабильным и не получал заметного притока генов из-за пределов этого региона. Причем геномы людей из памятника Окхерст говорят о том, что их популяция не проходила через «бутылочные горлышки», а ее генетическое разнообразие было сопоставимо с таковым у других африканских охотников-собирателей и было выше, чем у охотников-собирателей каменного века из Европы или Америки.

Генетики исследуют ДНК не только древних, но и современных африканцев. Например, ранее мы рассказывали, как ученые нашли подтверждения, что предки носителей языков банту расселились по континенту из Западной и Центральной Африки, начав свою миграцию около четырех — шести тысяч лет назад.