Ученые оценили распространенность моногенных заболеваний для России

В журнале Molecular Genetics & Genomic Medicine опубликован отчет российских ученых, посвященный оценке частот генетических заболеваний в России. Он основан на агрегации данных 694 полных экзомов, полученных в ходе разных проектов от жителей преимущественно северо-западной части России. По первичным оценкам самыми распространенными моногенными болезнями оказались дистрофия сетчатки, муковисцидоз и фенилкетонурия, причем последняя в этом отчете встречается чаще, чем в данных других проектов.

Благодаря крупным международным проектам последних лет уже собрана внушительная коллекция геномов человека и экзомов — кратких версий, в которых секвенируют только часть генома, с которой потом идет синтез белка. Несмотря на это, часть регионов в них представлена слабо и получить для них оценки генетического разнообразия местных жителей не всегда получается. Этот пробел пытаются восполнить при помощи национальных инициатив. В России это стартовавший в 2015 году проект «Российские геномы» на базе Санкт-Петербургского университета, в планах которого ужалось отсеквенировать 3000 геномов коренных жителей разных регионов. Он еще далек от завершения и имеющихся данных пока явно недостаточно для оценки генетических вариаций.

Чтобы ее выполнить, группа исследователей из Института биоинформатики и других лабораторий Санкт-Петербурга под руководством Александра Предеуса (Alexander Predeus) воспользовалась альтернативным источником данных. Они собрали коллекцию из 694 экзомов, принадлежавших в основном жителям северо-западного региона России, сделанных в ходе разных исследований и клинических испытаний.

В итоге они обнаружили 463100 разных генетических вариантов, из которых около 10 процентов оказались новыми и отсутствовали в базе данных dbSNP и данных gnomAD — на сегодняшний день самого полного экзомного проекта. Только небольшая часть — 14106 вариантов — сильно сказывались на фенотипе, но около трети от этих вариантов были обнаружены впервые.

Для оценки частот наследственных моногенных заболеваний, то есть обусловленных поломкой в одном гене, исследователи сузили свой набор данных до 372 человек без острых ранних заболеваний. На этих данных им удалось найти генетические варианты, связанные с болезнями с аутосомно-рецессивным типом наследования. Самым распространенным таким вариантом — 6 случаев — оказался вариант rs5030858 гена РАН, в гомозиготном состоянии вызывающий фенилкетонурию. 

Кроме него в топе оказались варианты, связанные с нехваткой фактора свертывания крови VII, болезнью Вилсона и тирозиназ-отрицательным альбинизмом. Если же смотреть не на отдельные варианты генов, а на их группы, связанные с той или иной болезнью, то в лидеры выходят варианты для дистрофии сетчатки, муковисцидоза и снова фенилкетонурии. Если на основании этих данных оценить встречаемость вариантов, провоцирующих фенилкетонурию, то они окажутся выше чем в данных проекта gnomAD, сделанного преимущественно на данных других регионов.

Недавно были опубликованы результаты геномного анализа двух с половиной тысяч жителей британских островов. Это позволило, в частности, узнать, что генетически шотландцев можно разделить на кластеры, которые примерно повторяют границы королевств, существовавших в раннем средневековье.

Вера Мухина