Первые ископаемые остатки мышиных, которые нашли на Аравийском полуострове, указали на то, что эта группа грызунов попала в Африку через территорию Леванта, а не через Южную Европу. Древнее животное отнесли к новому виду Progonomys manolo, строение его зубов говорит о том, что предки мышей и их ближайших родственников были всеядными и лишь несколько миллионов лет назад стали специализироваться на поедании растительной пищи. Исследование опубликовано в Scientific Reports.
Грызуны (Rodentia) — самый крупный отряд млекопитающих. В настоящее время они встречаются на всех континентах, кроме Антарктиды. В семействе Мышиные (Muridae) наибольшее число видов (около 800), а самое крупное подсемейство в нем — Murinae (по-русски его название совпадает с названием целого семейства), в нем более 600 видов.
Несмотря на такое разнообразие, мышиные — сравнительно молодая группа. Предполагается, что первые ее представители появились в Южной Азии около 14 миллионов лет назад (это время относится к эпохе миоцена). Примерно 11 миллионов лет назад они мигрировали в Африку и Европу. Расселение представителей подсемейства мышиных наряду с миграцией трехпалых лошадей гиппарионов считается важнейшим событием из тех, что происходили с млекопитающими Старого Света в миоцене.
Существует несколько предположений, каким путем доисторические мышиные попали в Африку. По одной из популярных гипотез, они прошли через Южную Европу, по другой — через Аравийский полуостров. Однако до недавнего времени ископаемых остатков этих грызунов на этом полуострове не находили, поэтому предположение невозможно было проверить.
Сотрудники Национального музея естественных наук в Мадриде, Ливанского университета, Лионского университета I имени Клода Бернара и Манчестерского университета описали первую такую находку — моляры (коренные зубы) неизвестного ранее мышевидного грызуна. Их обнаружили в верхнемиоценовых отложениях во время раскопок недалеко от ливанского города Захле в 2013 и 2018 годах. Исследователи провели множество измерений этих зубов, сравнили их с параметрами моляров нескольких вымерших и ныне живущих видов подсемейства мышиные и определили их возраст.
Больше всего находки были похожи на моляры представителей вымершего рода Progonomys, но отличались от них некоторыми бугорками и размером. Поэтому исследователи отнесли обладателя этих зубов к новому виду — Progonomys manolo (Маноло — одна из форм имени Мануэль, так звали одного из умерших коллег испанских авторов статьи). Род важен тем, что его представители уже в достаточной степени походят на современных мышиных и именно их находят в миоценовых отложениях Европы и Африки. Вероятно, они и были первыми мышиными, которые покинули Южную Азию.
Возраст Progonomys manolo оценили в 10,5 — 11 миллионов лет. Его примерными ровесниками оказались прогономисы, найденные на территории современной Турции (10,5 — 11 и 9,9 миллионов лет). Самые древние известные представители этого рода из Испании и Словакии имеют возраст 9,98 и 9,7 миллионов лет соответственно. Все остальные южноевропейские прогономисы моложе, равно как и африканские. Из этого следует, что Progonomys попали в Африку через Аравийский полуостров (авторы употребляют термин «Левант»), а не через Южную Европу.
Коренные зубы Progonomys manolo уже, чем моляры большинства известных видов того же рода и современных мышиных, но шире, чем моляры самых древних азиатских прогономисов. В целом похоже, что представители этого вида были скорее всеядны, как и другие прогономисы и ряд прочих примитивных мышиных. Получается, что в ходе эволюции эти грызуны перешли от относительной всеядности к питанию преимущественно растениями. По-видимому, это произошло на границе среднего и верхнего миоцена, когда климат становился более сухим и холодным.
Результаты исследования укрепляют представление о важности «левантийского коридора» для миграций животных между Евразией и Африкой в прошлом. Люди, в отличие от мышиных, при расселении двигались в обратном направлении — из Африки в Евразию.
В начале лета ученые сообщили об открытии на Филиппинах необычных представителей мышиных — землеройковых крыс Rhynchomys mingan и Rhynchomys labo. Как и землеройки, в честь которых был назван род, они больше склонны питаться беспозвоночными, чем растениями.
Светлана Ястребова
Проект получил название Unknome
Британские исследователи представили пополняемую и редактируемую пользователями базу данных белков, в которой они ранжируются по степени того, насколько мало о них известно. Проект призван обратить внимание на подобные белки и ускорить процесс их изучения. Публикация об этом появилась в журнале PLoS Biology. Как известно со времени прочтения человеческого генома, в нем закодировано примерно 20 тысяч белков. Применение протеомного и транскриптомного подхода в прошедшие после этого два десятилетия подтвердило, что большинство из них экспрессируются, и позволило выяснить назначение многих из них. Тем не менее, многие белки до сих пор остаются не охарактеризованными несмотря на то, что значительная их часть эволюционно консервативна и может выполнять критически важные функции. Во многом это связано с тем, что исследователи склонны фокусироваться на уже изученных белках, поскольку такие работы дают более предсказуемый результат. Чтобы систематизировать подход к идентификации и характеризации неизвестных белков, сотрудники Лаборатории молекулярной биологии британского Совета по медицинским исследованиям, Кембриджского и Оксфордского университетов под руководством Мэтью Фримена (Matthew Freeman) и Шона Манро (Sean Munro) создали и выложили в открытый доступ базу данных Unknome (буквально «незном», сокращенное от unknown genome — «неизвестный геном»). Она содержит ортологичные по базе PANTHER и собранные в кластеры последовательности белков человека и популярных модельных животных (таких, например, как кишечная палочка, дрозофила и мышь), взятые из базы UniProt. Им присваивается численная оценка «известности» (knownness) на основании аннотаций в проекте Gene Ontology (GO). Пользователи могут присваивать им свою оценку, исходя из имеющейся информации. Авторы работы оценили пригодность Unknome как основания для экспериментальной работы, выбрав с его помощью набор из 260 белков дрозофилы с неизвестными функциями (показатель известности 1,0 и менее), сохранившихся у людей. Нокдаун некоторых из этих генов с помощью РНК-интерференции приводил к утрате жизнеспособности. Функциональный скрининг остальных указал на участие некоторых в фертильности, развитии организма, передвижении, контроле качества синтезированных белков и устойчивости к стрессу. Выборочное выключение генов с использованием CRISPR/Cas9 определило два гена, отвечающих за мужскую фертильность, и компонент сигнального пути Notch, принимающего участив нейрогенезе, онкогенезе и связанного с различными неврологическими заболеваниями и пороками развития. Исследователи заключают, что тщательная оценка недостаточности знаний о функции гена и кодируемого им белка предоставляет ценный ресурс для поиска направлений биологических исследований и, возможно, стратегий их эффективного финансирования. Иногда на точность генетических баз данных могут влиять весьма неожиданные факторы. В материале «Наследили тут» можно почитать о том, как данные в одной из таких баз оказались испорчены неизвестными паразитами.