Депрессия и расстройства сна связаны — такой вывод сделали исследователи из США. Они нашли молекулярно-генетические пути, которые задействованы в развитии как большого депрессивного расстройства, так и бессонницы, а также выявили один конкретный ген, который выступает связующим звеном между ними. Подробнее о работе говорится в статье, опубликованной в Science Advances.
Поведенческие нарушения и расстройства сна часто сочетаются друг с другом. Например, большое депрессивное расстройство (major depressive disorder, MDD) почти всегда сопровождается проблемами со сном и сдвигом в его ритмах, а полная депривация сна может использоваться в качестве временно действующего антидепрессанта.
В некоторых крупномасштабных анализах транскриптома уже находили множество молекулярных коррелятов, общих для сна, эмоциональной сферы или депрессии. В число исследованных черт вошла даже регуляция циркадных ритмов. Тем не менее, оставалось непонятно, какие генные совокупности здесь задействованы и как в зависимости от них координируется работа многочисленных нейронных сетей, расположенных в разных частях мозга и обуславливающих поведение.
Чтобы найти сети генов, связанные с различными поведенческими функциями, исследователи под руководством Марты Витатерны (Martha Vitaterna), профессора Центра биологии сна и циркадных ритмов в Северо-Западном университете, исследовали 20 категорий фенотипов, которые включили 283 когнитивные, эмоциональные и сомнические характеристики. Их выделили в популяции из 129 мышей с депривацией сна и сопоставили с генетическими группами из 2458 маркеров в четырех областях мозга, ключевых для контроля сна и эмоций (лобная кора, гиппокамп, таламус и гипоталамус).
Благодаря этому исследователям удалось выделить сети транскриптомов, ответственные за тот или иной тип функции, включая характер сна, и они тем самым создали основу для изучения того, как эти функциональные сети генов могут меняться при большом депрессивном расстройстве. Множественные связи между сном и эмоциональными проявлениями обнаружились как на уровне одного гена, так и на уровне целой генной сети.
Помимо этого, ученые воспользовались общедоступными транскриптомическими наборами данных, полученных от людей с большим депрессивным расстройством, и сравнили их с тем, что нашли в мышиных моделях депривации. Оказалось, что одни и те же генные паттерны, специфические именно для коры, задействованы и при МDD у людей, и при полном лишении сна у мышей. Причем, депривация сна и депрессия влияли на экспрессию генов в этих сетях противоположным образом, что потенциально объясняло антидепрессивное действие бессонницы.
Более того, исследователи идентифицировали особую сеть генов,зависящих от активности нейронов — регуляторов циркадного ритма и производства циклических аденозиновых монофосфатов (цАМФ). Как выяснилось, они наиболее чувствительны и максимально рано реагируют на сбои, тем самым обеспечивая механическую основу, подтверждающую связь сна и депрессии. Из их числа даже удалось выделить один — ген Arc, который напрямую управляет активностью этой сети (запускает ее) и становится тем самым «недостающим звеном», которое связывает эмоциональную сферу и сон.
Ученые считают, что их выводы дополняют понимание молекулярных основ, лежащих в основе взаимодействия сомнической регуляции и аффективных расстройств, и надеются, что на основе этого получится разработать более эффективные средства борьбы с депрессией и нарушениями сна.
Тем временем не так давно исследователи нашли специфический тип нейронов, ответственный за сон, а также определили, что депрессия может отрицательно сказываться на целостности белого вещества мозга.
Анна Хоружая
Проект получил название Unknome
Британские исследователи представили пополняемую и редактируемую пользователями базу данных белков, в которой они ранжируются по степени того, насколько мало о них известно. Проект призван обратить внимание на подобные белки и ускорить процесс их изучения. Публикация об этом появилась в журнале PLoS Biology. Как известно со времени прочтения человеческого генома, в нем закодировано примерно 20 тысяч белков. Применение протеомного и транскриптомного подхода в прошедшие после этого два десятилетия подтвердило, что большинство из них экспрессируются, и позволило выяснить назначение многих из них. Тем не менее, многие белки до сих пор остаются не охарактеризованными несмотря на то, что значительная их часть эволюционно консервативна и может выполнять критически важные функции. Во многом это связано с тем, что исследователи склонны фокусироваться на уже изученных белках, поскольку такие работы дают более предсказуемый результат. Чтобы систематизировать подход к идентификации и характеризации неизвестных белков, сотрудники Лаборатории молекулярной биологии британского Совета по медицинским исследованиям, Кембриджского и Оксфордского университетов под руководством Мэтью Фримена (Matthew Freeman) и Шона Манро (Sean Munro) создали и выложили в открытый доступ базу данных Unknome (буквально «незном», сокращенное от unknown genome — «неизвестный геном»). Она содержит ортологичные по базе PANTHER и собранные в кластеры последовательности белков человека и популярных модельных животных (таких, например, как кишечная палочка, дрозофила и мышь), взятые из базы UniProt. Им присваивается численная оценка «известности» (knownness) на основании аннотаций в проекте Gene Ontology (GO). Пользователи могут присваивать им свою оценку, исходя из имеющейся информации. Авторы работы оценили пригодность Unknome как основания для экспериментальной работы, выбрав с его помощью набор из 260 белков дрозофилы с неизвестными функциями (показатель известности 1,0 и менее), сохранившихся у людей. Нокдаун некоторых из этих генов с помощью РНК-интерференции приводил к утрате жизнеспособности. Функциональный скрининг остальных указал на участие некоторых в фертильности, развитии организма, передвижении, контроле качества синтезированных белков и устойчивости к стрессу. Выборочное выключение генов с использованием CRISPR/Cas9 определило два гена, отвечающих за мужскую фертильность, и компонент сигнального пути Notch, принимающего участив нейрогенезе, онкогенезе и связанного с различными неврологическими заболеваниями и пороками развития. Исследователи заключают, что тщательная оценка недостаточности знаний о функции гена и кодируемого им белка предоставляет ценный ресурс для поиска направлений биологических исследований и, возможно, стратегий их эффективного финансирования. Иногда на точность генетических баз данных могут влиять весьма неожиданные факторы. В материале «Наследили тут» можно почитать о том, как данные в одной из таких баз оказались испорчены неизвестными паразитами.