Американские генетики и энологи проследили историю появления культурного винограда (Vitis vinifera ssp. vinifera). Они изучили геномы разных подвидов и пришли к выводу, они разделились на дикий (подвид sylvestris) и культурный (подвид vinifera) примерно 30-22 тысячи лет назад. У растений подвида vinifera, который впоследствии одомашнили люди, изменился метаболизм углеводов, а из раздельнополых они превратились в гермафродитов. Ученые нашли гены, по-видимому, ответственные за эти изменения. Статья опубликована в Proceedings of the National Academy of Sciences.
Люди делали виноградное вино еще в эпоху неолита. Сосуды со следами вина возрастом около 7,5 тысяч лет находили на территории современного Ирана, а древнейшую винодельню — в Армении. Исследователи полагают (1, 2), что виноград был одомашнен 6-8 тысяч лет назад в горных районах Ирана, Турции или в Закавказье. После этого культурный подвид vinifera завезли на Ближний Восток, а оттуда он попал в Египет и в Грецию.
У одомашненного винограда ягоды и гроздья увеличились в размерах, ягоды стали слаще, изменилась морфология косточек, а сами растения из раздельнополых превратились в гермафродитов. Авторы нового исследования попытались идентифицировать гены, мутации в которых вызвали эти изменения.
Для этого исследователи определили и проанализировали последовательности полного генома 11 культурных растений подвида vinifera, девяти растений дикого винограда (подвида sylvestris) и одного — мускатного винограда подвида rotundifolia.
Ученые выяснили, когда дикий подвид sylvestris и впоследствии одомашненный vinifera отделились от общего предка — примерно 22-30 тысяч лет назад. Намного позднее, около 2,6 тысяч лет назад, культурный виноград разделился на столовый и «винный». Также, исследователи нашли ген, по-видимому, ответственный за увеличение сладости винограда: это ген белка-транспортера углеводов SWEET1. Экспрессия этого гена в спелых ягодах vinifera была гораздо выше, чем в созревающих. За превращение раздельнополых растений (с пестиками и тычинками в разных цветках) в гермафродитов (пестики и тычинки вырастают в одном цветке и может происходить самоопыление), как оказалось, отвечают десять генов во второй хромосоме.
Авторы статьи заметили, что поскольку культурные сорта винограда размножают, по большей части, бесполым путем (черенками), в геноме у них накапливаются делеционные (и часто вредные) мутации. То есть одно нуклеотидное звено «выпадает» из цепи ДНК. По сравнению с диким, у одомашненного винограда таких мутаций примерно на пять процентов больше.
Вино нередко служит источником вдохновения для ученых и они придумывают самые разные темы для исследований. Так, психологи выяснили, что размер и форма винного бокала влияют на восприятие объема в нем вина. Другая группа психологов обнаружила, что если на винной этикетке указана высокая цена, вино кажется дегустатору вкуснее. А специалист по исследованию вина проверил профессиональных дегустаторов. Оказалось, что они не различают вкус вин, выращенных в холодном и теплом климате, хотя по химическому составу эти напитки разные.
Исследование провели на личинках дрозофил
Японские исследователи в экспериментах с дрозофилами установили механизм влияния на нейропластичность фермента убиквитинлигазы, функции которого нарушены при синдроме Ангельмана. Как выяснилось, этот фермент в пресинаптических окончаниях аксонов отвечает за деградацию рецепторов к костному морфогенетическому белку, за счет чего устраняются ненужные синапсы в процессе развития нервной ткани. Отчет о работе опубликован в журнале Science. Синдром Ангельмана представляет собой нарушение развития, которое проявляется умственной отсталостью, двигательными нарушениями, эпилепсией, отсутствием речи и характерной внешностью. Его причиной служат врожденные дефекты фермента убиквитинлигазы Е3А (Ube3a), который присоединяет к белкам убиквитин, влияющий на их судьбу в клетке, в том числе деградацию. При синдроме Ангельмана сниженная активность Ube3a нарушает синаптическую пластичность в процессе нейроразвития, в частности элиминацию ненужных синапсов. Повышенная активность этого фермента, напротив, приводит к неустойчивости сформировавшихся синапсов и, как следствие, к расстройствам аутического спектра. Исследования постсинаптических функций Ube3a показали, что он играет роль в нейропластичности, в частности формировании дендритных шипиков. При этом, по данным иммунохимических и электронно-микроскопических исследований, в коре мозга мыши и человека этот фермент экспрессируется преимущественно пресинаптически. Учитывая высокую эволюционную консервативность Ube3a, сотрудники Токийского университета под руководством Кадзуо Эмото (Kazuo Emoto) использовали для изучения его пресинаптических функций сенсорные нейроны IV класса по ветвлению дендритов (C4da) личинок плодовой мухи дрозофилы. Число дендритов этих нейронов резко сокращается (происходит их прунинг) в первые 24 часа после образования куколки, а на последних стадиях ее развития дендриты разветвляются вновь уже по взрослому типу. Используя флуоресцентные метки различных биомаркеров нейронов, исследователи показали, что в ходе этого процесса ремоделированию подвергаются не только дендриты, но и пресинаптические окончания аксонов. Попеременно отключая разные компоненты участвующих в этих процессах молекулярных комплексов, ученые убедились, что для элиминации синапсов под действием сигнального пути гормонов линьки экдизонов необходима только Ube3a, но не куллин-1 E3-лигаза, участвующая в прунинге дендритов. Дальнейшие эксперименты с применением флуоресцентных меток и РНК-интерференции показали, что Ube3a активно транспортируется из тела нейрона в аксон двигательным белком кинезином со средней скоростью 483,8 нанометра в секунду. Создав мутантов с дефектами в различных участках Ube3a, авторы работы выяснили, что связанные с синдромом Ангельмана мутации D313V, V216G и I213T в среднем домене фермента, содержащем тандемные полярные остатки (TPRs), препятствуют его связи с кинезином и транспорту из тела нейрона в аксон. Как следствие, нарушается элиминация ненужных синапсов. Изменения в N-концевом цинк-связывающем домене AZUL и C-концевом HECT влияли на эти процессы в значительно меньшей степени. Ube3a принимает участие в убиквитинировании многих клеточных белков. Чтобы выяснить, какой из них опосредует элиминацию синапсов, авторы работы вызывали в нейронах избыточную экспрессию разных белков-мишеней Ube3a с целью насытить этот фермент и таким образом заблокировать его действие. Оказалось, что выраженные дефекты элиминации синапсов возникают при избыточной экспрессии тиквеина (Tkv) — пресинаптического рецептора к костному морфогенетическому белку (ВМР); прунинг дендритов при этом не затрагивается. Исследование нормальной экспрессии Tkv с помощью флуоресцентных меток показало, что ее уровень значительно снижается через восемь часов после начала формирования куколки. У мутантов, лишенных Ube3a, этого не происходило. Выключение гена tkv или другого компонента сигнального пути BMP — mad — восстанавливало элиминацию синапсов у таких мутантов, то есть за нее отвечает именно этот сигнальный путь. Это подтвердили, восстановив элиминацию синапсов у мутантов без Ube3a антагонистом BMP LDN193189, а также экспрессией белков Glued-DN или Dad, которые подавляют сигнальную активность Mad. Искусственное повышение пресинаптической экспрессии Ube3a в нейронах C4da вызывало массированную преждевременную элиминацию сформировавшихся синапсов и общее уменьшение синаптической передачи у личинок третьего возраста. Это происходило из-за чрезмерного подавления сигнального пути BMP. Таким образом, дефекты убиквитинлигазы Ube3a, лежащие в основе синдрома Ангельмана, приводят к избыточной активности сигнального пути BMP, вследствие чего не происходит устранение ненужных синапсов в процессе развития нервной системы. Этот сигнальный путь может послужить мишенью для разработки новых методов лечения этого синдрома, а возможно и расстройств аутического спектра, считают авторы работы. В 2020 году американские исследователи сообщили, что им удалось предотвратить развитие синдрома Ангельмана у мышей с мутацией материнской копии гена UBE3A. Для этого они с помощью системы CRISPR/Cas9 инактивировали длинную некодирующую РНК UBE3A-ATS, которая подавляет экспрессию отцовской копии UBE3A.