Как на уханьском рынке нашли, потеряли и снова нашли возможный источник коронавируса
4 марта 2023 года эволюционный биолог из Сорбонны Флоренс Дебарр заметила в базе данных GISAID сиквенсы коронавируса из образцов, собранных на уханьском рынке животных и морепродуктов. В этом не было бы ничего удивительного — в эту базу вирусологи уже четвертый год подряд выгружают отсеквенированные геномы SARS-CoV-2. Но Дебарр заходила в GISAID и раньше, и этих геномов там не было. Причем сами пробы, судя по всему, были взяты еще в самом начале 2020-го — потом китайские власти закрыли рынок и вывезли оттуда животных, поэтому искать там было уже нечего. Значит ли это, что кто-то три года эти данные скрывал?
Можно, впрочем, предположить, что пробы с рынка просто очень медленно секвенировали. По крайней мере, об этих результатах действительно долго никто не отчитывался. Китайские эпидемиологи показали результаты своего исследования образцов с рынка только два года спустя, в феврале 2022-го, когда выложили препринт своей статьи.
Там они рассказали, что проанализировали 1380 образцов:
В 73 пробах с рынка нашелся коронавирус, очень похожий на тот, которым болели люди в Ухане. Но все эти пробы, пишут авторы препринта, взяты с поверхностей, а не у животных, поэтому вычислить, в чьем организме (или на поверхности какого продукта) вирус проник на рынок, невозможно.
Но геномных данных в препринте не было. Авторы работы выложили их в GISAID гораздо позже. Судя по метаданным, которые заметила Дебарр, это случилось летом 2022-го. Что тоже выглядит довольно странно: почему почти за год никто эти геномы не заметил?
Есть предположение, что данные появились в GISAID совсем недавно. Дело в том, что некоторое время назад статус препринта поменялся: вместо «опубликован» появилось «на рассмотрении». А если какой-то журнал взял статью на рецензирование, он мог потребовать от авторов выложить данные в открытый доступ — например, в GISAID. Правда, это тогда остается открытым вопрос о том, почему в метаданных значится июнь 2022-го — и не подменил ли их кто-нибудь.
Так или иначе, Дебарр выгрузила геномы из базы, сообщила об этом коллегам и вместе с ними взялась анализировать новый материал.
И выводы, к которым они пришли, получились совсем не похожими на выводы китайского препринта.
Дебарр с коллегами взяли сырые данные — то есть набор последовательностей РНК и ДНК, полученный после секвенирования проб, — и собрали из них геномы. В результате вышло, что диких животных на рынке было гораздо больше, чем сообщали китайцы в оригинальной работе. В образцах с тех участков рынка, где товар продавали живым, обнаружилась митохондриальная ДНК нескольких млекопитающих, в том числе дикобраза, ежа, циветы и бамбуковой крысы. А в некоторых образцах нашелся геном енотовидной собаки, и в одном случае — вместе с геномом коронавируса SARS-CoV-2.
Человеческой ДНК в этой пробе практически не было, и исследователи, естественно, предположили, что носителем вируса могла быть енотовидная собака. В этом не было бы ничего удивительного — этих животных уже подозревали в том, что именно они подхватили ковид от летучих мышей и принесли его людям, — если бы китайские эпидемиологи не утверждали, что ни у каких животных вируса не нашли и что таких животных вообще на рынке не было.
В этом бы тоже не было ничего удивительного — в конце концов, их препринт до сих пор не опубликован, и быть может, рецензенты еще найдут в нем ошибку — но дальше события начали развиваться неожиданно. Как только вирусологи собрали геномы и получили свой результат, они написали китайским коллегам и предложили обсудить расхождение в выводах. На следующий же день геномные данные пропали из GISAID.
Тогда вирусологи сообщили о своей находке в ВОЗ, и глава ВОЗ потребовал от китайцев подробного отчета. 20 марта западные вирусологи опубликовали свою работу, а 29 марта китайские эпидемиологи выложили новую версию своего препринта. 5 апреля он появился на сайте Nature. В нем исследователи признали: да, некоторых млекопитающих, по всей видимости, на рынке продавали живьем. Да, в некоторых образцах их ДНК соседствует с генами коронавируса. Но образцов, в которых никакого вируса нет, гораздо больше, — а значит, рано говорить о том, что эти животные были больны и заразили людей. В конце концов, к тому времени вспышка в Ухане длилась уже больше месяц. Вдруг все было наоборот — и это человек заразил енотовидную собаку?
Когда в 2020 году комиссия ВОЗ собиралась в Китай, чтобы расследовать происхождение коронавируса, у нее было четыре рабочие версии — те, что эксперты сочли хоть сколько-то правдоподобными и достойными обсуждения. Согласно им, коронавирус мог прийти к людям:
Ни одну из этих версий нельзя доказать однозначно. Для этого потребовалось бы найти нулевых пациентов, как среди людей, так и среди животных. Как показывает опыт прошлых пандемий, это почти никогда не удается (мы рассказывали о некоторых тщетных поисках в материале «Дары любви»). Поэтому и на этот раз едва ли стоит рассчитывать, что кто-нибудь однажды построит полную и убедительную цепочку заражений. Тем не менее, для каждой из этих четырех версий цепочки пока получаются разной длины.
Для версии с летучими мышами у нас есть пара промежуточных звеньев на выбор. Это мыши из Лаоса, которые болеют коронавирусом, чей геном почти на 97 процентов похож на SARS-CoV-2. Или мыши из Юньнаня, чей коронавирус RatG13 чуть более далек от SARS-CoV-2 — зато его изучали в Уханьском институте вирусологии, то есть он точно был в городе. Можно было бы пытаться продлить цепочку любым из этих звеньев, но дальше она обрывается — летучих мышей, которые болели бы более близкими родственниками SARS-CoV-2, никто до сих пор не нашел.
В варианте с замороженным мясом звеньев найдено меньше — нет даже базовой гипотезы о том, на чьем мясе вирус мог приехать в Ухань. Ученые неоднократно проверяли — и в Китае, и в других странах — не болеет ли коронавирусом какой-нибудь скот или дикие животные, но ничего не нашли.
Цепочка с промежуточным хозяином, заразившим человека на рынке, также неполна. Хотя вирусологи подсчитали, что, судя по местам жительства первых уханьских пациентов с ковидом, рынок мог быть эпицентром вспышки, на конкретное животное-носителя вируса они указать не могли.
Теперь версия с енотовидными собаками выглядит весомее: как минимум генетический материал енотовидных собак и коронавируса на рынке встречался одновременно и рядом. Правда, это еще не означает, что животные были заражены, а вирус размножался в их клетках. И доказать это по одним только генетическим данным невозможно — поскольку SARS-CoV-2 не умеет встраиваться в геном хозяина. Так что новая находка не закрывает вопрос о происхождении коронавируса. И даже, как видно по препринту китайских эпидемиологов, убеждает не всех — а только тех, кто и так придерживался версии о промежуточном хозяине.
Четвертая версия — о том, что вирус утек из уханьской лаборатории, — стоит особняком, потому что говорит не о случайном контакте с зараженным животным, а о человеческой ошибке. Согласно ей, вирус или специально модифицировали в лаборатории, чтобы придать ему новые свойства (о таких экспериментах мы рассказывали в материале «БУ!»), или культивировали просто так — но так или иначе, объект исследования сбежал и начал заражать людей сам по себе, без посредничества животных.
Цепочка подтверждений для этой версии не длиннее, чем для всех прочих. Все доказательства, которые здесь есть, — это попытки рассмотреть геном коронавируса и найти там следы работы «молекулярных ножниц» и других генно-инженерных инструментов. Время от времени кто-то что-нибудь подобное находит — а другие его опровергают (об одном таком споре читайте в материале «Так искусственный ты или нет?»).
Все, что известно наверняка, — это что в Уханьском институте работали вирусологи и занимались разными коронавирусами. Был ли среди них тот самый — неизвестно. Здесь могли бы помочь документы и протоколы из самой лаборатории — но их, естественно, в открытом доступе нет. Поэтому велик соблазн решить, что китайские ученые и власти что-то скрывают. А если так, значит, им есть, что скрывать.
Работу с подозрениями Китай проводит из рук вон плохо. Власти отрицают все возможные версии одновременно. Вот они отказываются предоставить нужную документацию ВОЗ — и комиссия, которая должна была расследовать происхождение коронавируса, никуда не едет. Вот они утверждают, что на уханьском рынке не могли продаваться запрещенные животные, — и вирусологам приходится собирать геномы из обрывков, чтобы это проверить. А некоторые китайские чиновники уже публично недоумевают: с чего вы вообще взяли, что вирус наш? Если пациентов с новой инфекцией впервые заметили в Ухане, это совсем не означает, что вирус заразил свою первую жертву именно здесь.
И вот опять — государственные эпидемиологи два с половиной года держат при себе полученные на рынке геномы — и прячут их из базы данных, как только на них кто-то обращает внимание.
Чиновников можно понять: ни одна из версий, которую выдвигала и проверяла ВОЗ, Китаю совершенно не льстит. Не хочется быть страной, где не соблюдают технику безопасности в лаборатории. Или страной, где нелегально торгуют дикими животными. И даже страной, где в пещерах живут летучие мыши-носители опасных вирусов. Хотя в этом нет ничего нового — вспышки многих инфекций, особенно респираторных, по данным ВОЗ, чаще всего возникают именно в Китае. Но это звучит как-то неприятно, и признавать этот факт не хочется.
На это стремление казаться со всех сторон безупречным никто, возможно, и не обратил бы внимания, если бы очередная респираторная вспышка в начале 2020-го не вышла за границы Китая. Но теперь, когда ее жертвы в мире исчисляются миллионами, попытки откреститься от любых обвинений мало у кого вызывают сочувствие. Даже эксперты ВОЗ, обычно предельно корректные, напоминают: время до следующей возможной пандемии на исходе. И если мы хотим встретить ее подготовленными, разбираться с предыдущей нужно прямо сейчас. А поскольку вы, Китай, большая и технологически продвинутая страна, мы не верим, что у вас нет в запасе данных, которыми вы могли бы с нами поделиться, — пока не поздно.
Отрицая все варианты одновременно, китайские власти создают новые поводы для подозрений. Каждая закрытая дверь провоцирует наблюдателей на новые и новые расследования. Да, в Китай уже не поедет комиссия ВОЗ — зато вирусологи будут выискивать в GISAID новые данные, а конгресс США будет искать нарушения безопасности в китайских лабораториях. Возможно, куда проще было бы признаться в торговле животными и предъявить миру правдоподобную — пусть и не до конца доказанную — версию. Но Китай выбрал не соглашаться ни с одной из версий — и продолжает получать обвинения по самой тяжелой из статей.