Результаты анализа ДНК древнего человека из «Оленьей пещеры» признали ошибочными

Американские ученые проанализировали опубликованный в 2022 году геном древнего человека из китайской пещеры Малудун («Оленья пещера»), жившего около 14 тысяч лет назад. Они пришли к выводу, что выводы первоначальной работы, получившей широкое освещение, некорректны, а сам исследованный образец, по всей видимости, очень сильно загрязнен ДНК современного человека. Критические замечания к статье опубликовали в журнале Current Biology, а дополнения к ним ученые в виде препринта выложили на сайте bioRxiv.org.

В 1989 году в пещере Малудун («Оленья пещера»), которая находится на юге Китая, исследователи обнаружили древние человеческие останки: мозговую коробку, несколько других фрагментов черепных костей и челюстей, пару зубов и обломки бедренной и большеберцовой костей. Несмотря на то, что останки принадлежали людям, жившим в конце эпохи плейстоцена — примерно 14 тысяч лет назад, они сочетали в себе черты, которые характерны как для сапиенсов, так и для более архаичных представителей нашего рода. Анализ этих костей и находок из другой китайской пещеры Лунлинь позволил некоторым ученым выдвинуть гипотезу, что, возможно, подобная мозаичная морфология — следствие гибридизации между представителями разных видов.

В 2022 году китайские ученые представили результаты генетического исследования останков из памятника Малудун. По их словам, они выделили древнюю ДНК из фрагмента мозгового отдела черепа MLDG-1704. Проанализированная последовательность, получившая условное обозначение MZR, представляла собой первый геном человека эпохи позднего плейстоцена из южной части Восточной Азии. Тогда ученые определили, что останки принадлежали женщине-сапиенсу без каких-либо признаков того, что ее предки в недавнем прошлом смешивались с представителями архаичных популяций. Кроме того, один из важных выводов этой работы касался того, что популяция, к которой принадлежал человек из Малудуна, генетически очень похожа на значительную часть предков коренных американцев.

Однако американские палеогенетики и биоинформатики во главе с известным исследователем Дэвидом Райхом (David Reich) из Гарвардского университета представили критические замечания к этой статье в журнал Current Biology, где почти три года назад появилась публикация генома древнего человека из Малудуна. Фактически доводы американских ученых перечеркивают все ранее полученные выводы геномного анализа. По словам авторов, прочитанная последовательность ДНК не отвечает критериям, которые позволили бы использовать ее в популяционных исследованиях.

Так, критики обратили внимание на очень большое количество ошибок в опубликованной последовательности, причем их уровень был крайне высоким даже для митохондриальной ДНК, качество покрытия которой обычно на порядки выше, чем для ядерной ДНК. Например, американские ученые отметили, что частота ошибок в последовательности митохондриальной ДНК оказалась настолько высокой, что они не сумели даже определить, носителем какой митохондриальной гаплогруппы был этот человек, не говоря о более далеких выводов о материнской линии индивида, которые содержатся в оригинальной работе.

Часть критических замечаний и своих размышлений об этом геноме американские исследователи также выложили в виде препринта на сайте bioRxiv.org. Их суть сводится к тому, что, по-видимому, отобранный для анализа образец был очень сильно загрязнен современным генетическим материалом. Причем опубликованную последованность ДНК примерно на 90 процентов можно смоделировать из ДНК современного жителя Китая, то есть места, где проводились оригинальные исследования. При этом вычленить из этого генома исключительно фрагменты древней последовательности ДНК у американцев не получилось.

Антропологические находки из Китая нередко становятся поводов для дискуссий. Об одной из таких историй, связанных с проблемой того, когда первые сапиенсы поселились на территории современной Поднебесной, мы рассказывали в материале «Зубы раздора».