Самую полную базу человеческих химерных транскриптов выложили в открытый доступ

Слияния генов, приводящие к образованию химерных транскриптов, образуются в результате хромосомных транслокаций, транскрипционных ошибок или транс-сплайсинга. Многие из них лежат в основе развития онкозаболеваний и служат их важнейшими биомаркерами, а также мишенями для терапии, при этом они обладают высокой вариабельностью и различаются от клетки к клетке. Для облегчения их изучения Милана Френкель-Моргенштерн (Milana Frenkel-Morgenstern) из Университета Райхмана с коллегами собрали и выложили в открытый доступ наиболее полную на сегодняшний день базу данных человеческих химерных транскриптов ChiTaRS 8.0. Процесс и результаты работы описаны в журнале Nucleic Acids Research.

База данных содержит почти 47,5 тысячи проверенных РНК-транскриптов и более 100 тысяч химерных последовательностей из доступных источников. Также в ней доступны информация о 1055 точках разрыва ДНК, приводящих к образованию химерных генов; списки слияний генов, служащих потенциальными мишенями для лекарственной терапии, и химерных точек разрыва в 934 клеточных линиях, что может помочь в разработке персонализированных методов диагностики и лечения онкозаболеваний. База продолжает пополняться.