Особенности синтезированной ДНК легко позволяют отличить лабораторный штамм от «диких»
Руководители консорциума Sc2.0 (International Synthetic Yeast Genome (Sc2.0) consortium) отчитались в статье в журнале Cell об успехе очередного этапа проекта — создании штамма дрожжей Saccharomyces cerevisiae Syn7.5, половина хромосом которого была синтезирована в лаборатории. При этом в синтезированную ДНК были внесены множество особенностей, которые легко позволяют отличить лабораторный штамм от «диких» и могут облегчить дальнейшие манипуляции с его геномом. Глобальной целью проекта Sc2.0 является создание эукариотического организма с полностью синтезированным геномом.
Относительно молодая область генетики — синтетическая биология — одной из своих задач ставит развитие технологий сборки рекомбинантных молекул ДНК и целых геномов (пока что микроорганизмов). Для этой цели в ДНК вводятся элементы «генетического конструктора» (чаще всего позаимствованного у вирусов), позволяющие включать и выключать гены под действием химических веществ, вырезать или переворачивать куски хромосом, вставлять гены из других организмов. Такие ДНК-конструкторы уже активно применяются в биотехнологии для создания штаммов-продуцентов ценных молекул и лекарств.
Чтобы максимально упростить создание генома с заданными свойствами, проще всего было бы его синтезировать в лаборатории, а потом ввести в клетку, и сразу получить, например, нужного продуцента. Однако даже геномы бактерий состоят из миллионов пар оснований, что сильно усложняет задачу генетикам. После того как ученые в 2010 году продемонстрировали, что это возможно, на примере самой маленькой бактерии Mycoplasma mycoides, фокус синтетических биологов сместился на сборку генома кишечной палочки E.coli и дрожжевых хромосом (подробнее почитать о всех этих проектах можно в нашем тексте «С правом на переписку»). В 2019 году ученые отчитались о создании кишечной палочки с полностью синтезированным в лаборатории геномом, и на очереди остались дрожжи, которые являются центральным объектом в проекте Sc2.0.
Пекарские дрожжи Saccharomyces cerevisiae представляют собой самую простую модель эукариотической клетки (наличие ядра и глобальный план строения клетки, и общность молекулярных механизмов, связанных с реализацией генетической информации, объединяют всех эукариот, включая человека). Их геном состоит из 16 хромосом, которые по отдельности пытались синтезировать в разных лабораториях, участвующих в консорциуме. На момент создания кишечной палочки с синтетическим геномом (и публикации нашего текста об этом) были готовы только 6 хромосом. Как сообщают участники проекта в свежей статье, на сегодняшний день все 16 хромосом по отдельности синтезированы, и существуют в виде 16 штаммов Syn, каждый из которых содержит одну синтетическую хромосому с введенными в нее метками.
Самой сложной задачей стало объединить все хромосомы в одном штамме. Чтобы это сделать, ученые обратились к методам классической дрожжевой генетики. Для этого скрещивали штаммы, несущие по одной синтетической хромосоме, получали гетерозигот (то есть штаммы как с «дикой», так и с искусственной хромосомой), а затем выключали в них методами генной инженерии «дикие» аналоги нужных хромосом, после чего отбирали споры, содержащие уже по две искусственные хромосомы. Таким образом удалось дойти только до штамма, несущего 6.5 искусственных хромосом. Штамм назвали Syn6.5, и в нем II, III, V, VI, половина IX, X и XII хромосомы заменены методом скрещивания. Самая большая, IV хромосома, была добавлена позже всех другим способом, основанном на использовании мутантных штаммов с неполным слиянием ядер. Таким образом был получен штамм Syn7.5, в котором половина генома была заменена.
Синтетические хромосомы отличаются от «диких» довольно сильно — генетики по максимуму постарались убрать оттуда некодирующие элементы, транспозоны (в общем, «мусорную» ДНК), и добавили «подпись», позволяющую легко отличить неродную хромосому. Кроме того, все стоп-кодоны TAG были заменены на TAA, таким образом, авторы штамма освободили целый кодон, который в перспективе (когда дрожжи с полностью синтетическим геномом будут готовы) можно занять новой аминокислотой.
Главной отличительной особенностью описанного штамма стало создание локусов на хромосомах, в которые исследователи вынесли все гены, кодирующие транспортные РНК. При этом, из дизайнерских хромосом эти гены были удалены. Такая манипуляция также связана с необходимостью ввести в аппарат синтеза белка возможность добавить дополнительную аминокислоту. Кроме того, удаление генов тРНК делает хромосомы стабильнее, и они меньше подвержены спонтанным перестройкам. В текущей стадии полученные штаммы отличаются сниженной жизнеспособностью, поэтому исследователи работают над поиском и устранением отдельных мутаций-«багов», для чего разработали модификацию метода CRISPR-Cas под названием CRISPR Directed Biallelic URA3-assisted Genome Scan (CRISPR D-BUGS), и лабораторной эволюцией на отбор мутаций, компенсирующих дефекты роста дизайнерских штаммов.
Могут ли астроциты передавать нервный импульс
Недавно в журнале Nature вышла статья: ученые из Италии и Швейцарии рассказали, что нашли в мозге взрослых мышей астроциты, которые выделяют нейромедиатор глутамат подобно нейронам. Когда этим астроцитам мешали выделять глутамат, у мышей нарушалась память и усиливались приступы эпилепсии. Получилось, что астроцитарный глутамат напрямую влиял на синаптическую передачу. То есть не только нейроны участвуют в передаче нервного импульса? А если так, то астроциты могут быть причиной болезней — и, соответственно, мишенью для терапии? Это что-то новое? Долгое время считалось, что выделять нейромедиаторы умеют только нейроны. Концы их отростков образуют синапсы — особые межклеточные контакты, где выделенный одним нейроном нейромедиатор воздействует на рецепторы другого и вызывает в нем электрический импульс. Так сигналы поступают от одного нейрона к другому и циркулируют внутри нервной системы. Другие клетки тоже обмениваются сигналами — например передают друг другу ионы и небольшие молекулы через свои межклеточные контакты. Но нервный импульс передают только нейроны. И при функциональных или когнитивных неполадках поломку первым делом ищут в них. В мозге, конечно, много клеток помимо нейронов — в основном [note=3170|глиальных]. Например, астроциты — глиальные клетки с кучей отростков, которые окружают нейроны и синапсы. Раньше считалось, что они выполняют только вспомогательные функции: поставляют нейронам питательные вещества и служат им физической опорой. Но в конце прошлого века ученые выяснили, что астроциты участвуют в формировании синапсов и регулируют синаптическую передачу. В частности, чтобы остановить сигнал, эти клетки поглощают лишний глутамат, который выделили нейроны. А если отделить нейроны от астроцитов и других глиальных клеток, передача сигналов между нейронами нарушается. То есть стало ясно, что синаптическая передача зависит от астроцитов — хотя как полноценных участников процесса их никто не рассматривал. Трехсторонний синапс Позже у астроцитов обнаружили и другие свойства. В 1995 году ученые нашли (1, 2) в астроцитах рецепторы глутамата mGluR5. Такие рецепторы есть и в нейронах — они, согласно названию, реагируют на глутамат. Когда глутамат связывается с рецепторами, в цитоплазме клетки повышается концентрация ионов кальция. Кальций — главный ион, участвующий в возбуждении нейронов и передаче нервного импульса. Он может поступать в клетку через кальциевые каналы наружной мембраны или высвобождаться из эндоплазматического ретикулума непосредственно внутри клетки. Когда концентрация ионов кальция в нейроне увеличивается, выделяется нейромедиатор. В экспериментах глутамат активировал эти рецепторы в астроцитах, и в них тоже повышался уровень кальция — как в нейронах. Еще позже выяснилось, что в результате астроциты высвобождают различные активные вещества: тот же глутамат, а еще — АТФ и D-серин (эти молекулы тоже могут играть роль нейромедиаторов). Выделение астроцитами нейромедиаторов назвали глиотрансмиссией — по аналогии с нейротрансмиссией, где передатчик — нейрон. Когда ученые стимулировали один астроцит, волны кальция распространялись и среди соседних — что подтверждало передачу сигнала между глиальными клетками. Обнаружив, что астроциты тоже могут и выделять [note=3171|нейромедиаторные молекулы], и реагировать на них, ученые предложили концепцию «трехстороннего синапса», где астроцит стал третьим участником синаптической передачи. Исследователи стали повторять прошлые эксперименты и придумывать новые — нужно было убедиться, что астроцит действительно может работать «почти как нейрон», а сам нейрон — реагировать на глиотрансмиттеры, выделяемые астроцитом. Чтобы доказать, что клетка может выделять нейромедиатор, недостаточно обнаружить в ней кальциевую активность. Еще не обойтись без везикул — мембранных пузырьков, в которых молекула-нейромедиатор перемещается из клетки наружу. И в 2004 году в выделенных из зрительной коры мозга крыс астроцитах нашли белок-транспортер VGLUT, который переносит глутамат в такие пузырьки. А в 2012 году в астроцитах крысиного мозга обнаружили синаптические микровезикулы, в которых глутамат накапливается почти в тех же концентрациях, что и в синаптических пузырьках нейронов: 45 миллимоль на литр в астроцитах и 55 миллимоль на литр — в нейронах. Появились и доказательства, что выделяемый астроцитами глутамат влияет на нейроны. Ученые стимулировали астроциты, и, когда те выделяли нейромедиатор, вероятность, что соседние нейроны его выделят в ответ, увеличивалась. А еще астроцитарный глутамат вызывал возбуждение нейронов, которое сохранялось, даже когда синаптическая активность была заблокирована. Все выглядело так, будто астроцит — действительно полноправный участник синаптической передачи, а концепция трехстороннего синапса находила все больше сторонников. Доверяй, но проверяй С доказательствами появились и сомнения. Некоторые ученые предположили, что астроциты, которые высвобождают глутамат в лабораториях, могут не делать этого в физиологических условиях. Или что этот глутамат не так уж сильно влияет на синаптическую активность в живом мозге. Большинство исследований проводилось in vitro или in situ — на выделенных или культивированных клетках или на срезах ткани мозга. А для стимуляции часто применялись вещества, которые активируют рецепторы и в астроцитах, и в нейронах, — и тогда сложно было доказать, что на нейронную активность влияет именно астроцитарный глутамат. Исследователи стали искать методы, во-первых, более избирательные, а во-вторых, способные имитировать естественные процессы. В 2007 году ученые из Университета Северной Каролины создали трансгенных мышей, которые экспрессируют в астроцитах искусственный рецептор Gq-GPCR. Активация этого рецептора повышала уровень кальция в клетке по аналогии с активацией рецепторов глутамата. Но глиотрансмиссию ученые не обнаружили, как и изменений в синаптической активности и пластичности. Иными словами, повышение уровня кальция в одних только астроцитах не вызвало никаких дополнительных эффектов. Семь лет спустя эта же группа провела эксперимент, в котором из астроцитов мышей удалили нативный рецептор IP3R2 — один из тех, которые отвечают за повышение концентрации кальция в клетке. Это частично лишило астроциты кальциевой активности и глиотрансмиссии, но никаких поведенческих аномалий у таких животных не было. Авторы пришли к выводу, что синаптическая передача нарушена не была. Еще раньше опровергли историю с D-серином (еще одним предполагаемым глиотрансмиттером): более точные методы показали, что его в основном выделяют сами нейроны. А поскольку доказательства того, что астроциты выделяют глутамат, были получены с использованием тех же подходов, то и они явно требовали перепроверки. Кроме того, исследователи заметили, что в здоровых мышиных астроцитах не всегда удается наблюдать волны кальция, необходимые для высвобождения глутамата. А в 2013 году поискали рецепторы глутамата в астроцитах взрослых и молодых мышей — и нашли их только в молодых клетках. Оказалось, что после третьей недели астроциты перестают экспрессировать гены рецепторов. В астроцитах взрослого человеческого мозга экспрессию рецепторов глутамата тоже не обнаружили. В более позднем исследовании транскриптома и протеома зрелых мышиных астроцитов ученые даже не нашли в них везикул или хотя бы необходимого количества РНК везикулярных транспортеров глутамата. Тогда ученые предположили, что трехсторонний синапс работает только в развивающемся мозге, и снова отказали астроцитам в самостоятельности, пока оставив их в роли вспомогательных клеток. Третий не лишний Разрешить возникший спор о том, способны ли все-таки астроциты во взрослом мозге выделять глутамат, взялся Андреа Вольтерра (Andrea Volterra) из Лозаннского университета. Вольтерра был одним из первых исследователей, кто в конце прошлого века показал, как активация рецепторов глутамата в астроцитах приводит к глиотрансмиссии. Теперь с коллегами из Италии и Швейцарии он обратился к базам данных секвенирования РНК единичных клеток гиппокампа мышей. Они идентифицировали в гиппокампе девять разных кластеров астроцитов. Один кластер избирательно экспрессировал гены, необходимые для зависимого от кальция высвобождения глутамата, — в том числе ген Slc17a7, кодирующий VGLUT1 (тот самый белок-транспортер). Ученые визуализировали эту субпопуляцию в срезах гиппокампа взрослых мышей и увидели, что астроциты действительно экспрессируют гены, необходимые для высвобождения глутамата. Чтобы убедиться, что клетки субпопуляции в самом деле высвобождают глутамат, ученые встроили в них [note=3172|рецепторы, реагирующие только на синтетические препараты]. Если в результате активации этих рецепторов выделялся глутамат, ученые наблюдали флуоресценцию. Чтобы удостовериться, что это не тот глутамат, который выделяют нейроны, срезы обработали синаптическими блокаторами, действующими прицельно на нейроны. В результате в ответ на стимуляцию рецепторов во всех визуализированных астроцитах увеличивался уровень кальция, но глутамат выделяла только треть клеток — это и была та самая субпопуляция. Когда ученые стимулировали нативные рецепторы астроцитов, они видели то же самое: высвобождение глутамата происходило не во всех клетках. Если ген нативного рецептора удаляли, астроциты больше не реагировали на стимуляцию. Они переставали выделять глутамат и в том случае, когда ученые выключали везикулярный транспортер глутамата VGLUT1 — то есть мешали везикулам заполниться нейромедиатором. Затем авторы перешли к экспериментам на бодрствующих трансгенных мышах. Если астроцитам мешали выделять глутамат, интенсивность синаптической передачи снижалась, а у мышей ухудшалась память: спустя сутки они хуже помнили неприятный стимул. Кроме того, при отключении глиотрансмиссии у грызунов усиливались эпилептические приступы, которые ученые вызывали с помощью препаратов. Общая продолжительность приступов была такой же, как у контрольных животных, но отдельных эпизодов (внутри каждого приступа) у мышей с выключенным геном было больше, и они были длиннее, а промежутки между ними — короче. То есть глиотрансмиссионный путь передачи импульса если и не критичен для работы мозга, то точно важен. Наконец, ученые проверили, есть ли такие же астроциты и в других частях мозга. Для этого они изучили нейронную цепь, которая соединяет черную субстанцию с дорсальным полосатым телом. Эта цепь контролирует произвольные движения, а ее дегенерацию наблюдают при болезни Паркинсона. Астроциты этой области экспрессировали в основном другой транспортер глутамата — VGLUT2. Когда ген этого белка удалили, глутамат из астроцитов выделяться перестал, а нейроны рядом стали гиперактивны. Тогда исследователи попробовали простимулировать рецепторы глутамата на самих нейронах (глиотрансмиссии все еще не было) — и активность нейронов пришла в норму. А когда рецепторы на нейронах, наоборот, заблокировали, клетки возбуждались еще сильнее. Авторы пришли к выводу, что именно глиотрансмиссия не дает нейронам этой цепи гиперактивироваться — то есть глутамат, выделенный астроцитами, связывается с рецепторами нейронов и снижает их возбуждение. Получается, в мозге мышей действительно есть астроциты, высвобождающие глутамат. Это высвобождение зависит от уровня кальция в клетке и влияет на нейронную активность в норме и при патологии. Проанализировав базы данных секвенирования РНК человеческих астроцитов, авторы нашли глутаматергические астроциты и у них, но эксперименты пока не ставили. Что теперь? Вольтерра с коллегами доказали, что глиотрансмиссия есть даже во взрослом мозге мышей. Значит, трехсторонний синапс работает. Правда выделять глутамат способны не все астроциты, а лишь определенная субпопуляция, экспрессирующая все нужные для этого гены. Скорее всего, именно поэтому в предыдущих исследованиях глиотрансмиссию обнаруживали не всегда. То, что глиотрансмиссия влияет на нейропередачу, тоже удалось доказать. Глутамат астроцитов может помогать нейронам возбуждаться — и таким образом поддерживать работу памяти, а может — тормозить активность нейронов и так снижать интенсивность приступов эпилепсии. Пока непонятно, почему возбуждающий нейромедиатор — еще и в малых количествах — способен так по-разному влиять на нейроны. Также неизвестно, как распределены глутаматергические астроциты по мозгу и насколько ощутимо влияние глиотрансмиссии на работу мозга и поведение. Возможно, в будущем глутаматергические астроциты смогут стать терапевтической мишенью и помогут нам лечить расстройства памяти (ведь не зря эти астроциты сосредоточены именно в гиппокампе), болезнь Паркинсона и эпилепсию. Но до тех пор многое предстоит выяснить. Пока понятно одно: некоторые астроциты могут передавать сигнал, подобный синаптическому. А значит, когда речь заходит о нарушениях синаптической передачи, не всегда виноваты нейроны.