Британские и немецкие ученые провели перепись клеточных типов в человеческом эмбрионе на третьей неделе развития. Оказалось, что он во многом отличается от мышиных зародышей на той же стадии — например, в нем нашлись клетки крови, заметные в микроскоп. Кроме того, исследователи обнаружили в зародыше предшественников половых клеток — а вот зачатков нервной системы, наоборот, не нашли. Работа опубликована в журнале Nature.
Третья и четвертая неделя внутриутробного развития — самый загадочный из периодов человеческой жизни. На этой стадии многие женщины даже сами не знают о том, что беременны, и тем более редко замечают выкидыши и планируют аборты — а значит, человеческие эмбрионы не попадают в руки биологов и врачей. Поэтому делать выводы о раннем развитии человека приходится, изучая других млекопитающих или приматов.
Можно было бы, конечно, выращивать собственные модельные эмбрионы в лаборатории — но до недавнего времени эксперименты с зародышами после 14-го дня развития были запрещены. О причинах этого мы подробно рассказали в тексте «14 дней спустя». Одним из главных аргументов в пользу запрета было развитие нервной системы: считалось, что примерно в это время появляются предшественники нейронов — а вместе с ними и риск, что зародыш сможет что-то почувствовать.
Ричарду Тайзеру (Richard Tyser) из Оксфордского университета и его коллегам посчастливилось заполучить полностью сохранный человеческий эмбрион — от пациентки, которая на самой ранней стадии беременности запланировала аборт и подписала согласие на использование зародыша в научных целях. Исследователи оценили возраст эмбриона в 16-19 дней: на этой стадии как раз активно идет гаструляция, то есть разделение плоского диска на три слоя будущего тела и формирование плана строения организма (где будет голова, а где хвост, где правая половина, а где левая).
Авторы работы разобрали эмбрион на отдельные клетки и отсеквенировали их РНК. Это получилось сделать для 1195 клеток, в среднем в каждой обнаружили работу около 4 тысяч генов. Все клетки были генетически здоровы (без хромосомных аномалий) и достоверно принадлежали не матери, а ребенку — он был мужского пола, и в его клетках работали гены с Y-хромосомы.
Исследователи выгрузили все полученные результаты в открытый доступ — получилась база данных по работе генов в раннем зародыше, с которой смогут работать их коллеги, если решат, например, смоделировать эту стадию развития in vitro. Сами же ученые воспользовались этими данными, чтобы выяснить, из каких типов клеток состоял эмбрион.
Так, например, они обнаружили, что на этой стадии клетки внутреннего слоя (энтодермы, из нее потом образуется кишечник) и среднего слоя зародыша (мезодермы, она даст начало скелету, мышцам, сосудам и другим тканям) уже достоверно отличаются друг от друга и от клеток внешнего слоя (эктодермы, из нее получатся кожа и нервная система).
Кроме того, авторы работы нашли в эмбрионе предшественники половых клеток. Это было неудивительно: считается, что они образуются где-то с 11-14 дней развития. Зато, вопреки ожиданиям, они обнаружили эритробласты — предшественники эритроцитов. У мышей они так рано не появляются, но в этом эмбрионе исследователи достоверно их определили: и по экспрессии генов, и по цвету.
Наконец, у ученых не получилось найти ни нервных клеток, ни их предшественников — судя по всему, специализация нервной системы на этой стадии еще не началась. А значит, опасения по поводу того, что зародыш сможет что-то почувствовать, не подтвердились.
Авторы работы призывают относиться к их результатам с осторожностью: все-таки в их распоряжении был только один эмбрион, и неизвестно, насколько можно по нему судить о развитии людей в целом. Тем не менее, их наблюдения свидетельствуют о том, что он был абсолютно здоров и развивался нормально. А пока других подобных работ не появилось, их коллегам придется довольствоваться тем, что есть, и использовать эту базу данных об экспрессии генов как образец развития человека. Из нее уже как минимум стало ясно, что многие модели зародышей из стволовых клеток неплохо воспроизводят настоящий эмбриогенез, а вот у мышей, например, некоторые типы клеток работают немного по-другому и хорошей моделью служить не могут.
Раньше мы рассказывали о том, что в зародышах человека, возможно, происходит омоложение после оплодотворения, и о том, как эмбрионы мыши дорастили до стадии появления конечностей вне матки. А о том, как развиваются технологии клонирования, читайте в нашем тексте «Здравствуй, гхола».
Полина Лосева
Бактерии научились инактививровать антибактериальную ДНК-гиразу
Немецкие ученые выяснили, что супербактерии, сохранявшие чувствительность к экспериментальному антибиотику альбицидину, защитились от него с помощью амплификации гена STM3175. Этот ген отвечает за регуляцию транскрипции малых молекул с доменом связывания, подобным ингибитору ДНК-гиразы — основы антибиотика альбицидина. Такое увеличение копии гена приводит к тысячекратному повышению уровня резистентности к препарату. Исследование опубликовано в PLoS Biology. В 2019 году почти пять миллионов человек погибло из-за бактерий, устойчивых к большинству известных антибиотиков, — супербактерий. По оценкам ученых к 2050 году это число увеличится в два раза. Основной причиной развития резистентности к противомикробным препаратам признано нерациональное их использование в медицине, ветеринарии и зоотехнии в сочетании с недостаточным пониманием механизмов бактериальной резистентности. Однако влияют и другие факторы: например, загрязнение атмосферы. Ученые постоянно ищут новые молекулы, которые были бы активны против супербактерий. Таким многообещающим соединением стал альбицидин — фитотоксичная молекула, вырабатываемая бактерией Xanthomonas albilineans, в исследованиях была эффективна против целого ряда супербактерий. Альбицидин ингибирует активность бактериальной ДНК-гиразы (топоизомеразы II) и эффективно действует на ковалентный комплекс ДНК и гиразы в крайне низких концентрациях. В нескольких исследованиях уже сообщалось о развитии резистентности к этой молекуле у некоторых бактерий, однако ее механизмы оставались не до конца выясненными. Команда ученых под руководством Маркуса Фульда (Marcus Fulde) из Свободного университета Берлина изучала механизмы резистентности к альбицидину, которая развилась у Salmonella typhimurium и Escherichia coli. Для этого они подвергали бактерии воздействию высоких концентраций более стабильного аналога антибиотика и наблюдали за ростом колоний в течение 24 часов. Из 90 протестированных клонов 14 показали рост в этих условиях. Секвенирование генома этих штаммов показало, что большинство (девять штаммов) несет мутации в гене tsx, ответственном за экспрессию нуклеозидспецифичного порина, что в 16 раз увеличивало минимальную ингибирующую концентрацию (MIC) антибиотика. Один из оставшихся пяти резистентных штаммов с интактным геном tsx демонстрировал более чем стократное повышение MIC, и анализ данных секвенирования его ДНК выявил амплификацию гена, приводящую к образованию 3-4 копий геномной области без однонуклеотидных полиморфизмов. При дополнительном анализе этого штамма ученые выяснили, что перекрывающаяся амплифицированная область содержит ген STM3175, который транскрибируется полицистронно в структуре оперона и N-концевой части qseB. Более тщательное изучение аминокислотной последовательности показало, что STM3175 состоит из 2 доменов: N-концевого AraC-подобного ДНК-связывающего домена и C-концевого GyrI-подобного лиганд-связывающего домена. Ученые обнаружили, что такая структура позволяет STM3175 связывать альбицидин с высокой аффинностью и инактивировать его. У разных бактерий обнаружились гомологи этого гена с теми же функциями, при этом на эффект других антибактериальных препаратов они не влияли. Знание нового механизма развития устойчивости к альбицидину позволит ученым разрабатывать новые способы модификации молекулы, чтобы обойти этот механизм. Ранее ученые обнаружили антибактериальную молекулу с широким спектром действия, которая не вызвала резистентности у микроорганизмов.