Биологи создали микророботов из клеток лягушек. Ксеноботы научились передвигаться по площадке, поворачивать в лабиринтах, запоминать опыт встречи с синим светом и расчищать площадку от мусора, сгребая его в кучи, а также успешно восстановились от травм. Работа опубликована в Science Robotics.
Создание маленьких роботов, которые могли бы двигаться согласованно роем, остается сложной задачей для конструкторов: трудно создать и заложить в очень маленькие устройства комплексные программы для управления подобным поведением. Альтернативное решение проблемы предлагает синтетическая биология. Маленькие живые машины могут унаследовать некоторые свойства своих природных предшественников: живые клетки сами по себе обладают большим количеством сенсоров и сигнальных путей. В клетках уже существуют биохимические, биомеханические и биоэлектрические способы коммуникации и управления, и теоретически, при разработке роботов можно использовать их, а не изобретать новые.
Создание альтернативных биологических систем – одна из целей биоробототехники. В основном силы инженеров направлены на проектирование биогибридов из синтетических каркасов и живых клеток или тканей. В таких системах команды исполняют мышцы, например, как в случае ската-киборга из мышиных кардиомиоцитов, движением которого можно управлять при помощи света. Подобная система обладает всеми преимуществами робота – синтетические компоненты можно легко моделировать и создавать с высокой точностью. Однако синтетические компоненты наследуют и традиционные недостатки, например – неспособность к регенерации. Создание полностью биологической машины позволило бы роботам, например, путешествовать в водной среде, собирать мусор, быстро излечиваться от механических повреждений и реагировать на изменения окружающей среды. Полностью биоразлагаемые роботы могли бы взять на себя задачи в медицине и экологии.
Инженеры из Университета Тафтса под руководством Майкла Левина (Michael Levin) предположили, что клетки, «освобожденные» от остального организма, будут вести себя не так, как в них заложено генетической программой по умолчанию, а демонстрировать какие-либо новые свойства. Авторы работы решили создать ксеноботов из таких клеток.
В начале исследования ученые получили стволовые клетки эмбриона лягушки Xenopus laevis. В искусственной среде клетки собрались в небольшие сферы по 3026 ± 180 штук. За четыре дня клетки в сферах дифференцировались и превратились в клетки мерцательного эпителия. Размер полностью сформировавшихся сфер составил в среднем от 487 ± 39 (у маленьких) и до 602 ± 30 (у крупных сфер) микрометров. Срок жизни сфер составил около 9-10 дней, при этом им не нужны были источники пищи: желточные пластинки, которые свойственны клеткам тканей эмбрионов лягушек, обеспечили их необходимыми ресурсами. Выращивание же сфер в питательной среде повысило продолжительность их жизни до 90 дней.
За время дифференциации клетки приобрели способность двигаться в водном растворе со скоростью более 100 микрометров в секунду. Движение стало возможным благодаря природным ресничкам клеток, которые обычно отводят различные объекты от поверхности кожи лягушек. Реснички на поверхности сфер создавали поток, который и приводил в движение всю конструкцию. При этом живые машины двигались по-разному: какие-то передвигались по прямой, какие-то на месте по кругу, некоторые двигались вперед, вращаясь. Ученые выяснили, что характер движения зависит от того, как выстроятся реснички на поверхности сфер на раннем этапе развития. Возможно, в будущем можно будет использовать этот факт и управлять поведением роботов.
На пятый день эксперимента исследователи нанесли некоторым пятидневным ксеноботам хирургическими щипцами рваные раны шириной примерно в половину диаметра сферы. Машины сумели закрыть раны уже через пять минут и затем восстановить свою сферическую форму. На выживаемость ксеноботов это не повлияло: все успешно дошли до конца эксперимента.
Еще одно важное свойство, которым разработчики надеются наделить ксеноботов, – способность хранить информацию о том, что происходило с машинами в течение их жизни. В этой работе ученые внесли в клетки эмбрионов на ранней стадии развития матричную РНК, кодирующую флуоресцентный репортерный белок. Этот белок сам по себе обладает зеленой флуоресценцией. Под воздействием синего света, флуорофор белка претерпевает изменение, и цвет флуоресценции меняется на красный. Такой переключатель может случить для записи опыта ксенобота, а считывать информацию можно с помощью флуоресцентной микроскопии. Систему проверили на 10 ксеноботах, которых выпустили на площадку диаметром пять сантиметров. На одной стороне арены, в 20 миллиметрах от места высадки машин, синим светом подсветили пятно в семь миллиметров в диаметре. Ксеноботам дали два часа на исследование предоставленного им пространства, после чего источник света убрали, и площадку с ксеноботами поместили в темноту. Спустя два дня из десяти ксеноботов три продемонстрировали сильное излучение в красном спектре, а значит, они побывали в районе пятна синего света.
Также ученые проверили способность роботов перемещаться в ограниченных пространствах. Для этого исследователи сконструировали различные арены: от полностью открытых до капилляров с внутренним диаметром в 580 нанометров. Во всех случаях, ксеноботы оказались способны передвигаться в пространстве, огибать повороты и «проходить» всю длину капилляров, хотя отдельные из них и испытали некоторые сложности.
Напоследок, авторы проверили, смогут ли роботы двигаться согласованно. На площадки, подготовленные для ксеноботов, ученые выложили покрытые силиконом частицы оксида железа размером 5 микрометров. На протяжении 12 часов ксеноботы очищали арену от мусора, сдвигая его в кучи. При помощи компьютерного алгоритма авторы показали, что как именно группа таких машин будет передвигаться, расчищая площадку, во многом зависит от формы ксеноботов. Хирургически придавая им различные формы, можно будет управлять процессом. В будущем авторы работы надеются научиться управлять роем таких роботов.
Ранее эта же команда ученых разработала алгоритм, который вычисляет идеальную форму подобных биороботов для эффективного движения вперед. Тогда авторы работы вручную придавали форму каждому из ксеноботов.
Вера Сысоева
Бактерии научились инактививровать антибактериальную ДНК-гиразу
Немецкие ученые выяснили, что супербактерии, сохранявшие чувствительность к экспериментальному антибиотику альбицидину, защитились от него с помощью амплификации гена STM3175. Этот ген отвечает за регуляцию транскрипции малых молекул с доменом связывания, подобным ингибитору ДНК-гиразы — основы антибиотика альбицидина. Такое увеличение копии гена приводит к тысячекратному повышению уровня резистентности к препарату. Исследование опубликовано в PLoS Biology. В 2019 году почти пять миллионов человек погибло из-за бактерий, устойчивых к большинству известных антибиотиков, — супербактерий. По оценкам ученых к 2050 году это число увеличится в два раза. Основной причиной развития резистентности к противомикробным препаратам признано нерациональное их использование в медицине, ветеринарии и зоотехнии в сочетании с недостаточным пониманием механизмов бактериальной резистентности. Однако влияют и другие факторы: например, загрязнение атмосферы. Ученые постоянно ищут новые молекулы, которые были бы активны против супербактерий. Таким многообещающим соединением стал альбицидин — фитотоксичная молекула, вырабатываемая бактерией Xanthomonas albilineans, в исследованиях была эффективна против целого ряда супербактерий. Альбицидин ингибирует активность бактериальной ДНК-гиразы (топоизомеразы II) и эффективно действует на ковалентный комплекс ДНК и гиразы в крайне низких концентрациях. В нескольких исследованиях уже сообщалось о развитии резистентности к этой молекуле у некоторых бактерий, однако ее механизмы оставались не до конца выясненными. Команда ученых под руководством Маркуса Фульда (Marcus Fulde) из Свободного университета Берлина изучала механизмы резистентности к альбицидину, которая развилась у Salmonella typhimurium и Escherichia coli. Для этого они подвергали бактерии воздействию высоких концентраций более стабильного аналога антибиотика и наблюдали за ростом колоний в течение 24 часов. Из 90 протестированных клонов 14 показали рост в этих условиях. Секвенирование генома этих штаммов показало, что большинство (девять штаммов) несет мутации в гене tsx, ответственном за экспрессию нуклеозидспецифичного порина, что в 16 раз увеличивало минимальную ингибирующую концентрацию (MIC) антибиотика. Один из оставшихся пяти резистентных штаммов с интактным геном tsx демонстрировал более чем стократное повышение MIC, и анализ данных секвенирования его ДНК выявил амплификацию гена, приводящую к образованию 3-4 копий геномной области без однонуклеотидных полиморфизмов. При дополнительном анализе этого штамма ученые выяснили, что перекрывающаяся амплифицированная область содержит ген STM3175, который транскрибируется полицистронно в структуре оперона и N-концевой части qseB. Более тщательное изучение аминокислотной последовательности показало, что STM3175 состоит из 2 доменов: N-концевого AraC-подобного ДНК-связывающего домена и C-концевого GyrI-подобного лиганд-связывающего домена. Ученые обнаружили, что такая структура позволяет STM3175 связывать альбицидин с высокой аффинностью и инактивировать его. У разных бактерий обнаружились гомологи этого гена с теми же функциями, при этом на эффект других антибактериальных препаратов они не влияли. Знание нового механизма развития устойчивости к альбицидину позволит ученым разрабатывать новые способы модификации молекулы, чтобы обойти этот механизм. Ранее ученые обнаружили антибактериальную молекулу с широким спектром действия, которая не вызвала резистентности у микроорганизмов.