Комитет HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee) выпустил обновленное руководство по наименованию человеческих генов. Среди прочего организация сообщает об изменении названий ряда генов, некорректно обрабатываемых программой Microsoft Excel. Эта программа по обработке табличных данных по умолчанию конвертирует названия вроде MARCH1 в даты, так что во избежание ошибок ученым пришлось их модифицировать.
Имена генам даются в соответствии с номенклатурными требованиями, разработанными HGNC — комитетом, ответственным за корректные названия генов человека. Среди общих принципов — имя должно даваться на английском, быть коротким и содержать информацию о функции или структуре продукта. Кроме полного имени гену дают аббревиатуру, по которой его можно быстро найти, например TNF для Tumor Necrosis Factor. Сокращение должно состоять только из заглавных букв латинского алфавита и арабских цифр, быть уникальным внутри генома и не иметь негативной окраски. Помимо этого рекомендовано вообще избегать сокращений, совпадающих с генетическими терминами. Так, сократить название гена до CHR5 будет очень плохой идеей, — оно будет постоянно путаться с пятой хромосомой. Поиск генов с названиями вроде LOVE или SUN тоже проблематичен, поэтому имена совпадающие с распространенными словами тоже не рекомендованы.
Помимо новых рекомендаций в руководстве говорится о переименовании нескольких уже существующих генов. Среди попавших под раздачу — сокращения вроде DOPEY1 (одурманенный, тормозной, вялый от приема наркотиков), WARS и CARS (теперь WARS1 и CARS1) а заодно целая группа генов, которые переименовали из-за их некорректной обработки в Microsoft Excel. Сокращения вроде MARCH1 или SEPT1 программа по умолчанию конвертирует в даты, и связанные с этим ошибки регулярно всплывают в научных работах, — по оценке австралийских ученых они есть в каждой пятой статье, содержащей дополнительные exсel-таблицы с генами.
Excel — самая распространенная программа для обработки таблиц, и — хоть она заточена совсем не под работу с генетическими данными — ее регулярно для этого используют. При этом по умолчанию она конвертирует в даты все, что похоже на даты, и любой, кто не отключил эту опцию ручном режиме заранее для отдельных колонок получит на выходе некорректный список генов, при дальнейшей обработке которого тоже могут возникнуть трудности. Глобального решения этой проблемы Excel не предлагает и не планирует делать эти настройки более гибкими, так что ученым пришлось переименовывать гены. Теперь ген MARCH1 сокращен как MARCHF1, а SEPT1 как SEPTIN1, изменения коснулись и других аналогичных генов. Это первый случай, когда смена имени была обусловлена некорректной обработкой данных.
Правила наименования целых организмов не такие строгие, — они должны быть написаны латинскими буквами, подчиняться правилам латинской грамматики и быть биномиальными, но при этом первооткрыватель волен сделать их шутливыми, поэтичными или увековечить в них людей или персонажей. Так, у нас уже есть амеба-Гендальф, онихофора-Тоторо, червь-Обама и насекомое наездник Элбакян. В описании вида должна быть указана причина выбора названия, но в целом она может быть изложена в вольном стиле.
Вера Мухина
Восемь рождественских открыток с червями, крабами и другими созданиями
Наступило Рождество — а значит, троюродная тетя из Чебаркуля уже прислала вам в WhatsApp или Viber безумную, но очень милую поздравительную открытку. Но в этом году вам будет, чем ей ответить. Для этого мы подготовили восемь абсурдных открыток с животными со всего света, которые получили названия в честь Рождества. Сохраняйте и пользуйтесь! Если спросить жителя средней полосы России, какие животные ассоциируются у него с зимними праздниками, он, скорее всего, вспомнит северных оленей и снегирей. А вот для австралийцев символами Рождества и Нового года давно стали около тридцати пяти видов жуков из рода Anoplognathus, в первую очередь вид Anoplognathus pallidicollis. Эти крупные неуклюжие насекомые, похожие на наших майских жуков, когда-то в большом количестве появлялись в австралийских городах и пригородах на католическое Рождество и Новый год. Неудивительно, что их стали называть рождественскими жуками. А еще некоторые из них благодаря блестящему экзоскелету с зеленовато-желтым металлическим отливом выглядят как настоящие праздничные украшения. К сожалению, в последние годы рождественские жуки встречаются все реже и уже не образуют таких огромных скоплений, как еще несколько десятилетий назад. Энтомологи обеспокоены падением численности этих насекомых и связывают его с вырубкой эвкалиптов, листья которых поедают взрослые особи, и сокращением площади аборигенных трав (их корнями питаются личинки). Кроме того, жукам могли навредить антропогенные изменения климата, чрезмерное использование пестицидов, световое загрязнения и распространение инвазивных хищников. Чтобы точно установить, почему исчезают рождественские жуки, и обеспечить им безопасное будущее, ученые призывают австралийских любителей природы регистрировать все встречи с этими насекомыми на платформе iNaturalist. Если в мире и есть место, где Рождество наступает каждый день, то это небольшой остров Рождества в Индийском океане. Сейчас он принадлежит Австралии. Самые знаменитые дикие обитатели острова Рождества — красные наземные крабы Gecarcoidea natalis, которых около пятидесяти миллионов (еще одна популяция существует на соседних Кокосовых островах). Рождественские крабы приспособились к жизни на суше и большую часть времени проводят в тропических лесах острова. Однако для размножения этим ракообразным все еще нужна морская вода. Поэтому каждую осень миллионы крабов мигрируют на морское побережье, чтобы спариться и отложить яйца в море. После этого они возвращаются в родные леса. А уже через три-четыре недели на сушу выходят вылупившиеся из яиц и прошедшие метаморфоз юные крабы. Они тут же отправляются в лес. У взрослых рождественских крабов нет естественных врагов — либо на них охотились местные крысы, вымершие больше ста лет назад. Однако в конце прошлого века люди случайно завезли на остров азиатских муравьев Anoplolepis gracilipes (их еще называют желтыми сумасшедшими муравьями), которые нанесли крабьей популяции серьезный урон. Муравьи не охотятся на крабов специально — но распыляют на этих ракообразных едкую кислоту, когда те проходят неподалеку от муравьиных колоний, например, во время миграций. Из-за этого крабы слепнут и умирают. Кроме того, муравьи нередко занимают крабьи норы. Согласно некоторым оценкам, по вине муравьев популяция рождественских крабов сократилась на 15-20 миллионов особей. Однако теперь с этими инвазивными насекомыми активно борются, благодаря чему численность крабов постепенно восстанавливается. Например, в этом году миграция взрослых крабов к морю и молодых особей обратно в лес оказалась одной из самых масштабных за долгое время. Рождественским крабам удалось пережить появление инвазивных муравьев. Однако многим другим эндемикам острова Рождества повезло намного меньше: они стали очень редкими или полностью вымерли из-за привезенных людьми видов и переносимых ими заболеваний. Например, эндемичные крысы Rattus macleari и R. nativitatis исчезли в начале XX века из-за болезней, которые передались им от инвазивных черных крыс (R. rattus). Рождественская белозубка (Crocidura trichura) не встречалась ученым с 1985 года — вероятно, ее погубили те же болезни либо конкуренция с крабами, которые размножились после вымирания охотившихся на них аборигенных крыс. А исчезновение рождественского нетопыря (Pipistrellus murrayi) зоологи констатировали в 2009 году. Возможно, эта маленькая летучая мышь стала жертвой завезенных хищников. В конце концов от всех эндемичных млекопитающих острова Рождества осталась только местная летучая лисица (Pteropus (melanotus) natalis) — но и она находится на грани полного исчезновения. Ситуация с рождественскими ящерицами не лучше. На протяжении десятилетий на них охотились завезенные на остров муравьи и крысы, а также инвазивные змеи — обыкновенные волкозубы (Lycodon capucinus). Кроме того, эти рептилии, вероятно, в большом количестве погибали из-за смертельных для них бактерий Enterococcus lacertideformus, которые, скорее всего, тоже попали в их родные леса по вине человека. В результате три из четырех видов эндемичных ящериц с острова Рождества больше здесь не встречаются. Рождественский сцинк Emoia nativitatis, который на нашей открытке изображен в верхнем правом углу, вымер полностью, а островной скрытоглаз (Cryptoblepharus egeriae) (он справа внизу) и геккон Листера Lepidodactylus listeri (слева внизу) выжили только в неволе. Сейчас зоологи разводят оба этих вида в зоопарках и питомниках — а еще создают их вольные популяции на Кокосовых островах. Ученые надеются, что однажды скрытоглаз и геккон смогут вернуться на родной остров. В Тихом океане есть свой остров Рождества. Это самый большой в мире атолл, площадь суши которого составляет более 300 квадратных километров. В наши дни он принадлежит государству Кирибати и населен несколькими тысячами человек. Чтобы избежать путаницы с островом Рождества из Индийского океана, тот, что находится в Тихом, все чаще называют Киритимати — что на языке кирибати тоже означает «Рождество». Помимо людей, на Киритимати живут многочисленные птицы. В основном это морские пернатые, которые гнездятся тут огромными колониями: буревестники, фрегаты, олуши, крачки и фаэтоны. Однако есть здесь и наземные птицы, например, полинезийская камышовка (Acrocephalus aequinoctialis). Одно из ее английских названий в переводе означает «камышовка острова Рождества» — что неудивительно, ведь помимо Киритимати она обитает лишь на еще одном острове, атолле Тераина. Сейчас в кустарниковых зарослях Киритимати живет относительно стабильная популяция из не менее 2500 взрослых камышовок. Однако орнитологи все равно относят этих птиц к числу угрожаемых видов, ведь на них охотятся завезенные на атолл кошки и крысы — а инвазивные растения вытесняют привычную для них флору. Кроме того, камышовки страдают из-за разрушения их среды обитания людьми. А вот рост уровня моря в результате глобального потепления, из-за которого многие мелкие острова по всему миру уходят под воду, этим птицам, кажется, не опасен — Киритимати слишком велик, чтобы утонуть. Среди многочисленных морских птиц с атолла Киритимати есть одна, получившая имя в честь этого острова — рождественский буревестник (Puffinus nativitatis). На атолле действительно расположена одна из крупнейших колоний данного вида. Однако общий ареал у рождественского буревестника намного шире, чем у соседствующей с ним камышовки. Помимо Киритимати, эти птицы размножаются на многих отдаленных от берега островах в центральной части Тихого океана: на северо-западных островах Гавайского архипелага, Туамоту, Маршалловых островах и острове Сала-и-Гомес. А вне сезона размножения рождественские буревестники кочуют по всему Тихому океану, от Японии и Мексики до Фиджи. Несмотря на то, что большинство видов морских птиц в наши дни оказались под угрозой исчезновения по вине человека, к рождественским буревестникам это пока не относится. Орнитологи относят их к числу видов с минимальным риском вымирания. Впрочем, рождественские буревестники все-таки уязвимы перед инвазивными хищниками и грызунами и разрушением среды обитания. Острова, где условия стали совсем неподходящими для размножения, эти птицы покидают. Именно это произошло, например, на атолле Уэйк. Мелкие рыбки этеостомы (Etheostoma) из семейства окуневых живут в реках и ручьях Канады, США и Мексики. Многие из них населяют всего одну или несколько рек. Большую часть времени этеостомы окрашены в буроватые тона, которые делают их незаметными на фоне каменистого дна. Однако в сезон размножения самцы этих рыб преображаются. Чтобы привлечь внимание самок, они надевают яркий брачный наряд: их плавники становятся пестрыми, а на теле появляются разноцветные полосы и пятна. У каждого вида этеостом брачная расцветка своя, что мешает их гибридизации с родственными видами. Репродуктивная изоляция в сочетании с географической привели к всплеску разнообразия этеостом. По оценкам ихтиологов, сейчас в Северной Америке живет около 160 их видов — а их род является самым разнообразным родом рыб на континенте. На нашу открытку мы поместили рождественскую этеостому (E. hopkinsi), которая живет в американских штатах Джорджия и Южная Каролина. Свое название эта рыбка получила за брачную окраску самцов: золотисто-зеленую с желтыми полосами и красными пятнами. Эти цвета по традиции ассоциируются с Рождеством. Несмотря на небольшой ареал, рождественская этеостома не находится под угрозой исчезновения — в отличие от многих близких видов, численность которых сокращается из-за загрязнения воды и разрушения среды обитания. Рождественская талассома (Thalassoma trilobatum) из семейства губанов — еще одна рыба, получившая имя в честь Рождества. И вновь — за яркую красно-зеленую расцветку самцов. Интересно, что пол у этих рыб зависит от возраста. Все молодые особи — самки с неяркой окраской, однако те из них, что проживут достаточно долго, превращаются в ярких самцов. Обитают рождественские талассомы на тропических коралловых рифах от восточного побережья Африки до центральной части Тихого океана. Встретить их можно на глубине до десяти метров. Несмотря на то, что в целом эти рыбы не находятся под угрозой исчезновения, на них иногда охотятся и ловят ради содержания в аквариумах. Нет, это не пара пластиковых елочек. И даже не причудливое растение, которым мы решили разбавить эту подборку животных. На самом деле перед вами многощетинковый червь Spirobranchus giganteus. Большая часть тела этого обитателя тропических морей скрыта в известковой трубке, которая вросла в ткани коралла, а наружу торчит только пара закрученных в спираль перистых щупиков на голове. С помощью этих структур червь отфильтровывает из воды пищу и извлекает кислород из воды. А при опасности он втягивает щупальца в трубку и закрывает ее крышкой. Щупальца S. giganteus могут быть самых разных цветов: желтого, красного, белого или синего. Однако формой они всегда напоминают украшенную к празднику ель. Неудивительно, что по-английски этих беспозвоночных называют «Christmas tree worm» — «червь-рождественская елка».