Единственная мутация превратила горький миндаль в сладкий и стала ключевым фактором его одомашнивания. Как рассказывается в Science, ученые проанализировали геном сладкого миндаля и обнаружили мутацию в белке bHLH2, участвующем в синтезе амигдалина, ядовитого вещества, образующегося в орехах дикого миндаля и придающего ему горький вкус. Мутация «сломала» белок в сладком миндале и амигдалин в нем образовываться перестал.
Миндаль (Prunus dulcis) выращивали с древности. По-видимому, его одомашнили жители Плодородного полумесяца. В орехах дикого миндаля, в отличие от культурного, содержится вещество амигдалин, который придает им горький вкус и делает ядовитыми. В желудке человека амигдалин распадается с образованием ядовитых веществ, синильной кислоты и ее солей. Поэтому ключевым для одомашнивания миндаля стал отбор растений со сладкими косточками. Генетические исследования показали, что сладкий миндаль получился в результате доминантной мутации в локусе, который называют «Сладкая косточка» (Sweet kernel, Sk). Но какие гены входят в его состав, до недавнего времени было неясно.
Ракель Санчес-Перес (Raquel Sánchez-Pérez) из университета Мурсии и ее коллеги из Испании, Дании и Италии собрали и проанализировали геном сладкого миндаля. При анализе локуса Sk исследователи обнаружили в нем кластер из пяти генов, кодирующих белки-факторы транскрипции bHLH1-bHLH5. Авторы предположили, что мутации именно в этих белках могли из горького миндаля сделать сладкий, и решили изучить их подробнее, поскольку, во-первых, генотипы горького и сладкого миндаля ассоциируются с различным уровнем транскрипции генов цитохромов Р450, PdCYP79D16 и PdCYP71AN24 (они участвуют в биосинтезе пруназина - предшественника амигдалина). Во-вторых, известно, что факторы транскрипции bHLH регулируют биосинтез некоторых веществ. А в-третьих, авторы нашли рядом с генами PdCYP79D16 и PdCYP71AN24 несколько участков связывания белков bHLH. Связывание белков bHLH с ДНК необходимо для регулирования транскрипции.
Анализ генов bHLH показал, что в сладком миндале в одном из них, bHLH2,появилась мутация, которая привела к замене аминокислоты лейцина, находящейся в 346 положении полипептидной цепи, на фенилаланин. В отличие от лейцина у фенилаланина есть бензольное кольцо, громоздкая структура, которая может нарушить работу белка. Авторы предположили, что замена либо мешает образованию димера bHLH2 (факторы транскрипции bHLH работают «в паре»), либо он образуется, но не работает.
Чтобы выяснить, какая из гипотез верна, ученые выделили белки bHLH2, полученные из сладкого и горького миндаля, и с помощью электрофореза разделили их по размерам. Оказалось, что оба белка образуют димеры. Зато связываться с ДНК (и, соответственно, регулировать транскрипцию) димер из сладкого миндаля оказался не способен. Поэтому исследователи пришли к выводу, что в сладком миндале димер bHLH2 не работает и предотвращает биосинтез ядовитого амигдалина.
Сборка и анализ генома уже помогли ученым выяснить родословную некоторых культурных и диких растений. В частности, генетики выяснили историю нескольких видов трюфелей и чайной розы, обнаружили, когда опийный мак «научился» вырабатывать морфин и как киви смогли вырабатывать большие количества витамина С.
Исследование провели на личинках дрозофил
Японские исследователи в экспериментах с дрозофилами установили механизм влияния на нейропластичность фермента убиквитинлигазы, функции которого нарушены при синдроме Ангельмана. Как выяснилось, этот фермент в пресинаптических окончаниях аксонов отвечает за деградацию рецепторов к костному морфогенетическому белку, за счет чего устраняются ненужные синапсы в процессе развития нервной ткани. Отчет о работе опубликован в журнале Science. Синдром Ангельмана представляет собой нарушение развития, которое проявляется умственной отсталостью, двигательными нарушениями, эпилепсией, отсутствием речи и характерной внешностью. Его причиной служат врожденные дефекты фермента убиквитинлигазы Е3А (Ube3a), который присоединяет к белкам убиквитин, влияющий на их судьбу в клетке, в том числе деградацию. При синдроме Ангельмана сниженная активность Ube3a нарушает синаптическую пластичность в процессе нейроразвития, в частности элиминацию ненужных синапсов. Повышенная активность этого фермента, напротив, приводит к неустойчивости сформировавшихся синапсов и, как следствие, к расстройствам аутического спектра. Исследования постсинаптических функций Ube3a показали, что он играет роль в нейропластичности, в частности формировании дендритных шипиков. При этом, по данным иммунохимических и электронно-микроскопических исследований, в коре мозга мыши и человека этот фермент экспрессируется преимущественно пресинаптически. Учитывая высокую эволюционную консервативность Ube3a, сотрудники Токийского университета под руководством Кадзуо Эмото (Kazuo Emoto) использовали для изучения его пресинаптических функций сенсорные нейроны IV класса по ветвлению дендритов (C4da) личинок плодовой мухи дрозофилы. Число дендритов этих нейронов резко сокращается (происходит их прунинг) в первые 24 часа после образования куколки, а на последних стадиях ее развития дендриты разветвляются вновь уже по взрослому типу. Используя флуоресцентные метки различных биомаркеров нейронов, исследователи показали, что в ходе этого процесса ремоделированию подвергаются не только дендриты, но и пресинаптические окончания аксонов. Попеременно отключая разные компоненты участвующих в этих процессах молекулярных комплексов, ученые убедились, что для элиминации синапсов под действием сигнального пути гормонов линьки экдизонов необходима только Ube3a, но не куллин-1 E3-лигаза, участвующая в прунинге дендритов. Дальнейшие эксперименты с применением флуоресцентных меток и РНК-интерференции показали, что Ube3a активно транспортируется из тела нейрона в аксон двигательным белком кинезином со средней скоростью 483,8 нанометра в секунду. Создав мутантов с дефектами в различных участках Ube3a, авторы работы выяснили, что связанные с синдромом Ангельмана мутации D313V, V216G и I213T в среднем домене фермента, содержащем тандемные полярные остатки (TPRs), препятствуют его связи с кинезином и транспорту из тела нейрона в аксон. Как следствие, нарушается элиминация ненужных синапсов. Изменения в N-концевом цинк-связывающем домене AZUL и C-концевом HECT влияли на эти процессы в значительно меньшей степени. Ube3a принимает участие в убиквитинировании многих клеточных белков. Чтобы выяснить, какой из них опосредует элиминацию синапсов, авторы работы вызывали в нейронах избыточную экспрессию разных белков-мишеней Ube3a с целью насытить этот фермент и таким образом заблокировать его действие. Оказалось, что выраженные дефекты элиминации синапсов возникают при избыточной экспрессии тиквеина (Tkv) — пресинаптического рецептора к костному морфогенетическому белку (ВМР); прунинг дендритов при этом не затрагивается. Исследование нормальной экспрессии Tkv с помощью флуоресцентных меток показало, что ее уровень значительно снижается через восемь часов после начала формирования куколки. У мутантов, лишенных Ube3a, этого не происходило. Выключение гена tkv или другого компонента сигнального пути BMP — mad — восстанавливало элиминацию синапсов у таких мутантов, то есть за нее отвечает именно этот сигнальный путь. Это подтвердили, восстановив элиминацию синапсов у мутантов без Ube3a антагонистом BMP LDN193189, а также экспрессией белков Glued-DN или Dad, которые подавляют сигнальную активность Mad. Искусственное повышение пресинаптической экспрессии Ube3a в нейронах C4da вызывало массированную преждевременную элиминацию сформировавшихся синапсов и общее уменьшение синаптической передачи у личинок третьего возраста. Это происходило из-за чрезмерного подавления сигнального пути BMP. Таким образом, дефекты убиквитинлигазы Ube3a, лежащие в основе синдрома Ангельмана, приводят к избыточной активности сигнального пути BMP, вследствие чего не происходит устранение ненужных синапсов в процессе развития нервной системы. Этот сигнальный путь может послужить мишенью для разработки новых методов лечения этого синдрома, а возможно и расстройств аутического спектра, считают авторы работы. В 2020 году американские исследователи сообщили, что им удалось предотвратить развитие синдрома Ангельмана у мышей с мутацией материнской копии гена UBE3A. Для этого они с помощью системы CRISPR/Cas9 инактивировали длинную некодирующую РНК UBE3A-ATS, которая подавляет экспрессию отцовской копии UBE3A.