Суматранские носороги находятся под угрозой вымирания, но снижение численности популяции начало происходить еще в эпохе плейстоцена (2,5 миллиона — 11,7 тысячи лет назад). К таким выводам пришли ученые из США и Тайваня, проанализировав первый геном суматранского носорога. Работа опубликована в журнале Current Biology.
Суматранский носорог (Dicerorhinus sumatrensis) — последний сохранившийся вид из своего рода, но и он находится под угрозой вымирания. К 2011 году в дикой природе насчитывалось лишь около 200 особей. Исследования показывают, что исчезновению вида обычно предшествует долгосрочное снижение его численности, либо колебания численности в результате, например, климатических изменений. Снижение генетического многообразия делают вид особенно уязвимым к неблагоприятным воздействиям среды. Чтобы понять причины вымирания суматранских носорогов, нужно изучить их демографическую историю. Для этого Герман Мейс (Herman Mays) из Университета Маршалла вместе с коллегами из США и Тайваня впервые собрал геном суматранского носорога. Ученые предположили, что уязвимость вида связана либо с колебаниями численности популяции, либо с долгосрочным ее снижением в прошлом.
Для анализа ученые использовали образцы тканей дикого самца суматранского носорога, которого поймали в Индонезии, и который умер в 2013 году. На основании последовательности генома одной особи возможно провести демографический анализ вида. Чтобы понять, как климатические изменения повлияли на численность популяции, демографический анализ объединили с методом моделирования экологических ниш.
Размер генома оказался соразмерным с результатами для непарнокопытных, гетерозиготность оказалось низкой и соразмерной с результатами, которые сообщали для недавно вымерших млекопитающих, и близкой к тем, которые наблюдаются у одомашненных видов, например, у лошадей (Equus caballus).
Также анализ позволил заключить об изменениях размера популяции в период от семи миллионов лет назад до одной тысячи лет назад. Популяции этого вида, вероятнее всего, испытывали значительные изменения численности с начала эпохи плейстоцена (2,58 миллионов лет назад). Пик численности вида, по оценкам авторов, достиг 58 тысяч особей 950 тысяч лет назад, а минимальная численность составила 700 особей 9 тысяч лет назад.
Одной из причин изменения численности стало расширение популяции из Северных регионов Азии в Юга-Восточную Азию и Сундаланд в раннем и среднем плейстоцене, которое совпало с расширением других континентальных видов в Сундаланд. После этого переселения популяция страдала от изменений климата и колебаний уровня моря, и ее численность постепенно падала в период со среднего до позднего плейстоцена. Другой причиной снижения численности популяции ученые считают изменения и деградацию среды обитания вида, которую вызвало расширение популяции Homo sapiens на пересечении плейстоцена и голоцена.
Таким образом, ученые считают, что изменение климата в далеком прошлом привело к уменьшению генетического разнообразия суматранских носорогов, и оставило их еще более уязвимыми для последствий деятельности человека.
Другая группа ученых подсчитала, что начало вымирания современных видов позвоночных пришлось на 19 век, а о перспективах выживания приматов мы писали здесь. Также мы писали о смене геологических эпох и о влиянии человека на изменения планеты.
Анна Зинина
Он повышает синтез высокомолекулярной гиалуроновой кислоты
Американские и российские исследователи обнаружили, что трансгенные мыши с повышенной экспрессией гена синтазы гиалуроновой кислоты от голых землекопов меньше подвержены спонтанному и индуцированному раку, дольше живут и дольше сохраняют здоровье. Кроме того, у таких животных значительно снижен уровень воспаления в различных тканях. Отчет о работе опубликован в журнале Nature. Голые землекопы (Heterocephalus glaber) выделяются среди грызунов крайне высокой продолжительностью жизни (в неволе — более 40 лет). Кроме того, у них слабее работают рецепторы внутреннего уха и механизмы торможения в нервной системе, зато замедлено клеточное старение и короче иммунная память (из-за чего у них больше наивных лимфоцитов для реакции на новые инфекции). Одно из главных отличий голых землекопов от других млекопитающих состоит в том, что они практически не болеют раком. Как было показано ранее, это связано с высоким содержанием в их тканях высокомолекулярной гиалуроновой кислоты. Этот гликозаминогликан составляет основу внеклеточного матрикса, участвует в пролиферации и миграции клеток, а также влияет на прогрессирование опухолей, причем его свойства зависят от молекулярной массы — высокомолекулярный обладает защитными свойствами, низкомолекулярный — наоборот. Голые землекопы продуцируют гиалуроновую кислоту с крайне высокой молекулярной массой (более 6,1 мегадальтона), которая оказывает мощную цитопротекцию. Чтобы проверить, производит ли она схожий эффект у других видов животных, сотрудники Университета Рочестера, Гарвардской медицинской школы, Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и Московского государственного университета под руководством Андрея Селуанова (Andrei Seluanov) и Веры Горбуновой (Vera Gorbunova) создали трансгенных мышей с управляемой повышенной экспрессией гена синтазы 2 гиалуроновой кислоты голого землекопа (nmrHas2). У самок и самцов таких животных наблюдалось повышенное содержание высокомолекулярной гиалуроновой кислоты в мышцах, сердце, почках и тонкой кишке; низкое — в печени и селезенке, утилизирующих ее. Тем не менее оно было ниже, чем у голых землекопов, что, вероятно, связано с более высокой активностью гиалуронидазы у мышей. Наблюдения в когортах из 80–90 животных показало, что экспрессирующие трансген nmrHas2 мыши умирают от спонтанного рака реже, чем обычные (57 против 70 процентов). Эта разница была еще заметнее у пожилых (старше 27 месяцев) животных — 49 против 83 процентов. В эксперименте по химической индукции кожного канцерогенеза нанесением 7,12-диметилбензантраценом (DMBA) и форбол-12-миристат-13-ацетатом (TPA) число папиллом на 21-й неделе от него у трансгенных мышей было почти вдвое меньше, чем у обычных. От пола животных подверженность раку не зависела. Масса тела животных из обеих групп в течение жизни не различалась. При этом экспрессирующие nmrHas2 мыши жили дольше, чем обычные — медианная продолжительность жизни у них была на 4,4 процента, а максимальная — на 12,2 процента больше. У животных женского пола сильнее различалась медианная продолжительность жизни (на девять процентов), а мужского — максимальная (на 16 процентов). Оценка эпигенетического возраста по паттернам метилирования ДНК в печени в возрасте 24 месяцев показала, что у трансгенных мышей он примерно на 0,2 года меньше хронологического. Животные из основной группы жили не только дольше жили, но и дольше оставались здоровыми. У них медленнее, чем в контрольной группе, возрастал интегральный индекс немощности (frailty index), который рассчитывается по 31 физиологическому показателю, и они в пожилом возрасте сохраняли подвижность и координацию движений в тесте на ротароде. Кроме того, у трансгенных самок замедлялось развитие остеопороза. Анализ транскриптомов различных органов и тканей экспрессирующих nmrHas2 пожилых мышей выявил особенности, присущие молодым животным, и пониженный уровень воспаления, связанного с возрастом. Молекулярные исследования показали, что высокомолекулярная гиалуроновая кислота производит противовоспалительные и иммунорегулирующие эффекты, а также предохраняет клетки от окислительного стресса. Кроме того, она стимулирует барьерную функцию кишечного эпителия, сохраняет стволовые клетки кишечника и поддерживает оптимальный состав кишечной микробиоты, что дополнительно способствует снижению возрастного воспаления. Таким образом, высокомолекулярная гиалуроновая кислота, произведенная трансгеном nmrHas2, продлила жизнь мышей и сохранила их здоровье в пожилом возрасте, подавляя возрастные воспалительные реакции. Это значит, что эволюционные адаптации долгоживущих животных, таких как голый землекоп, можно искусственно воспроизвести у других видов — возможно, и у человека — с пользой для их здоровья. Также полученные результаты указывают на потенциал клинического применения высокомолекулярной гиалуроновой кислоты для лечения возрастных воспалительных заболеваний кишечника и других органов, заключают авторы работы. В 2016 году исследователи из Великобритании, Германии и ЮАР выяснили, что низкая болевая чувствительность голых землекопов связана с мутацией гена одного из рецепторов воспринимающих боль нейронов. Годом позже американские, немецкие, британские и южноафриканские ученые показали, что эти животные могут долго обходиться без кислорода — в эксперименте они выжили 18 минут в атмосфере чистого азота, после чего восстановили аэробный метаболизм.