Австрийские ученые разработали алгоритм, автоматически определяющий мышиное пение на аудиозаписи. Он позволяет проводить анализ песен почти на порядок быстрее, чем вручную, при этом точность обработки данных сопоставима с ручным анализом. Кроме того, новый алгоритм распространяется бесплатно. Статья опубликована в журнале PLoS ONE.
В основном мышиные песни имеют высокую частоту (от двадцати до ста двадцати килогерц), что делает их трудно различимыми для человеческого слуха, при этом они не менее сложны, чем привычные для нас птичьи песни. Мышата начинают петь еще в детстве, когда остаются в одиночестве и пытаются привлечь ушедшую мать, а взрослые мыши используют сложную ультразвуковую вокализацию (USV) в периоды различных социальных взаимодействий. Например, мужские особи активно поют в присутствии самки, во время ухаживания и спаривания. Интерес к исследованию мышиных песен в последнее время возрос, в первую очередь благодаря техническим достижениям в биоакустическом анализе.
Разработка методов автоматического распознавания и анализа USV представляет собой непростую техническую задачу из-за большого размера звуковых файлов и низкого отношения сигнал/шум. Обычно исследователи полагаются на ручной анализ звуков на спектрограммах, что требует много времени. Иногда ученые используют скрипты для полуавтоматического распознавания или коммерческое программное обеспечение, например, Avisoft SAS LabPro или Sound Analysis Pro. Частота ошибок при использовании этих программ, по словам авторов статьи, обычно не указывается, и их надежность вызывает сомнения. Поэтому ученые разработали новый алгоритм для анализа USV и сравнили частоту допускаемых ошибок при анализе, проводимом различными способами.
Исследования проводились над домашними мышами (Mus musculus musculus), потомками мышей, пойманных в Институте Этологии Конрада Лоренца. Мыши выращивались в небольших разнополых группах до трехнедельного возраста, затем их разделяли. Мужские особи содержались отдельно для предотвращения драк, женские — в парах. Во всех клетках было достаточно древесной стружки и гнездового материала, количество еды и воды не ограничивалось (ad libitum). Всего в эксперименте участвовало тридцать две взрослые мыши возрастом около 190 дней — одиннадцать мужских и двадцать одна женская особь. Ни одна мышь в ходе исследования не пострадала.
Ученые записали песни одиннадцати самцов и трех самок в присутствии стимула (женской особи) во время периода вечерней активности мышей. В каждом случае «певец» (caller) не был знаком со стимулом, поскольку они росли в разных группах. Обе мыши помещались в клетку, разделенную на две равные части пластинкой из плексигласа, в которой были проделаны небольшие отверстия. Половина с «певцом» накрывалась металлической крышкой, а со стимулом — плексигласовой, хорошо поглощающей ультразвук. Затем клетка помещалась в звукозаписывающую камеру. В десяти сантиметрах от крышки «певца» располагался конденсаторный ультразвуковой микрофон с диапазоном частот от 10 до 200 килогерц. Запись велась в течение десяти минут с частотой дискретизации 300 килогерц, в 16-битном формате.
Затем на основе анализа записей ученые разработали алгоритм для выделения промежутков с пением из общего массива данных. Обычно это сложно делать в автоматическом режиме из-за маскировки ультразвуковых сигналов посторонними шумами. Здесь авторы предложили новый метод отделения полезного сигнала от шума, который использует то факт, что отдельные слоги мышиной песни имеют небольшую спектральную ширину и значительно бо́льшую высоту, чем фоновый шум. Процесс обработки был разбит на три шага. В первом производилась предварительная очистка звука от шума с помощью обрезания наименее высоких частот на коротком фрагменте записи (порядка миллисекунды). На втором шаге порог частоты на этом фрагменте уточнялся. Наконец, количество энергии, содержащейся в оставшихся частотах, сравнивалось с определенным пороговым значением, и на основании этого сравнения принималось решение, отнести фрагмент записи к пению или шуму. Затем последовательные фрагменты одной природы объединялись, так что получались отдельные слоги мышиных песен, доступные для дальнейшего анализа учеными.
Наконец, исследователи провели ручной анализ четырех записей и подобрали такие параметры, при которых алгоритм максимально четко отделял песни от фонового шума. После этого они сравнили на оставшихся десяти записях работу существующих на данный момент программ и нового алгоритма. Оказалось, что число ложноположительных и ложноотрицательных срабатываний у него гораздо меньше: 10 процентов против 40 и 20 против 50 соответственно. По словам авторов, он работает почти так же хорошо, как ручной анализ, только в 4-12 раз быстрее в зависимости от размера файла.
Изучение мышиных песен особенно интересно из-за их сложности и разнообразия, однако простой ручной анализ звуковых записей требует много времени — до трех часов для десятиминутного фрагмента. Разработанный исследователями алгоритм распространяется бесплатно и позволяет ученым производить относительно надежный и быстрый анализ мышиного пения. Правда, в некоторых случаях автоматическое детектирование работает не так уж хорошо, например, при физическом взаимодействии зверьков, когда они спариваются или дерутся. Сейчас ученые работают над совершенствованием своего алгоритма.
Мы уже писали про ультразвуковые песни мышей. Оказалось, что они интересны не только своей сложностью, но и механизмом производства звуков — он напоминает работу реактивного двигателя при вертикальном взлете.
Дмитрий Трунин
Эффективнее всего себя показала композиция «We Will Rock You»
Швейцарские ученые внедрили механочувствительные рецепторы в клетки, способные высвобождать инсулин, и они стали реагировать на звуковые волны: ионные каналы впускали положительно заряженные ионы кальция, что заставляло содержащийся в них инсулин сливаться с мембраной и высвобождаться наружу. Эффективнее всего этот процесс происходил под песню «We Will Rock You» группы Queen: у мышей, которым вживили эти клетки, после прослушивания песни заметно снизился уровень глюкозы в крови. Эксперимент описан в журнале The Lancet Diabetes & Endocrinology. Слуховые косточки преобразуют акустические волны звука в механические колебания, которые активируют механочувствительные ионные каналы в волосковых клетках. Вход ионов в клетку приводит к деполяризации мембраны и созданию потенциала действия. Подобные механочувствительные ионные каналы распространены повсеместно у всех организмов, в том числе бактерий, что может быть использовано для генной терапии различных заболеваний: встраивание подобных рецепторов и их активация могли бы менять потенциал действия клетки и, как следствие, ее активность или даже функцию. Однако системная доставка низкомолекулярных триггерных соединений затруднена из-за их иммуногенных эффектов, а физические триггеры, такие как свет, ультразвук, магнитные поля, радиоволны, электричество и температура, не всегда удобны в практическом применении. Ученые из Швейцарской высшей технической школы Цюриха под руководством Мартина Фуссенеггера (Martin Fussenegger) создали стабильные трансгенные клональные линии клеток, способные высвобождать инсулин, которые конститутивно экспрессируют механочувствительные рецепторы Piezo1 млекопитающих или бактериальные механочувствительные рецепторы MscL. Уровень звука в 60 децибел при частоте 50 Герц, который находится в пределах безопасного диапазона для человеческого уха, эффективно активировал эти рецепторы, что приводило к индукции высвобождения инсулина. Визуализация MscL-положительных и MscL-отрицательных клеток показала значительно более высокие уровни внутриклеточного кальция в первой популяции клеток, что означает массовый вход кальция в клетку при активации механорецепторов. Затем ученые проверили влияние различных жанров музыкальных произведений на высвобождение инсулина. Выяснилось, что популярная музыка с низкими басами и саундтреки к фильмам вызывали максимальное выделение инсулина, в то время как реакция на классическую музыку и гитарную музыку была более разнообразной и зависела от композиции. Песня «We Will Rock You» группы Queen высвобождала почти 70 процентов инсулина в течение пяти минут. В эксперименте на мышах с диабетом и трансгенными клетками эта песня приводила к выработке достаточного количества инсулина, чтобы быстро снизить колебания гликемии во время тестов на толерантность к глюкозе. На втором месте по эффективности оказался саундтрек к фильму «Мстители». Клетки активировались только в том случае, если звуковые волны непосредственно воздействовали на кожу над местом имплантации не менее 15 минут Речь, наушники, низколетящие самолеты, газонокосилки, пожарные машины и гудки не приводили к нежелательной секреции инсулина при восприятии с разных расстояний и направлений. Таким образом, эти клетки защищены от незапланированного выброса инсулина. Ученые считают, что эту разработку можно рассматривать как потенциально реальную замену уколам инсулина для людей с диабетом. Ранее мы рассказывали, что введение инсулина в нос помогло людям с деменцией улучшить их когнитивную функцию.