С помощью инсулиноподобного фактора роста
Нейробиологи из США показали, что микроглия усиливает образование ГАМКергических нейронов в мозге плода. На образцах мозга человеческих эмбрионов и органоидах ученые продемонстрировали, что нейрогенез зависит от инсулиноподобного фактора роста 1, выделяемого микроглиальными клетками. Предшественники ГАМКергических интернейронов экспрессировали рецептор IGF1R, благодаря чему микроглия могла взаимодействовать с ними и стимулировать пролиферацию. Исследование опубликовано в Nature.
В неокортексе человеческого мозга от 25 до 50 процентов нейронов представлены ГАМКергическими интернейронами, отвечающими за торможение. Снижение их числа или нарушение функции связано с различными нарушениями: расстройствами аутистического спектра, эпилепсией и шизофренией. Образование этих нейронов происходит в ганглиозных возвышениях вентрального конечного мозга человека (hMGE) в эмбриональном периоде, активнее всего — во втором и третьем триместре. Молодые предшественники ГАМКергических интернейронов — нейробласты — располагаются в hMGE в виде гнезд и способны к делению до ранней постнатальной стадии, причем активнее всего делятся клетки, расположенные на периферии гнезд. Однако остается неясным, как регулируется нейрогенез в hMGE.
Гнезда нейробластов окружены радиальной глией, которая простирается от желудочковой зоны и внутренней субвентрикулярной зоны (iSVZ) до наружной субвентрикулярной зоны (oSVZ) и экспрессирует маркеры пролиферации — NESTIN и SOX2. Радиальная гелия представляет собой клетки с длинными отростками, которые помогают вновь образованным нейронам мигрировать в разные части развивающегося мозга. Еще одним важным звеном в развитии нейронов может быть микроглия, которая образуется из желточного мешка и проникает в мозг на ранней стадии беременности. Микроглия участвует в нейрогенезе, ангиогенезе, миелинизации, образовании и обрезке синапсов. Ранее было показано, что в мозге эмбрионов мышей микроглия регулирует развитие парвальбумин-экспрессирующих нейронов.
Ученые из Калифорнийского университета в Сан-Франциско во главе с Ю Дянкун (Diankun Yu) решили проверить, влияет ли микроглия на образование ГАМКергических интернейронов в мозге человека. Сначала они изучили посмертные образцы мозга эмбрионов и новорожденных (с пятнадцатой недели беременности до третьей недели жизни), а затем создали нейроиммунные органоиды, в часть которых трансплантировали микроглиальные клетки. С помощью иммуногистохимии ученые обнаружили, что на 15–17 неделе беременности микроглии в hMGE мало и расположена она диффузно по всему hMGE. К 22–25 неделе микроглия начала накапливаться в iSVZ и oSVZ, вблизи радиальной глии. Сами нейробласты в это время экспрессировали маркер пролиферации Ki-67, то есть активно делились, и в основном были сгруппированы вокруг микроглии. Кроме этого, микроглия находилась в тесном контакте с волокнами радиальной глии и часто следовала вдоль них. По мере отдаления от микроглиальных клеток обнаруживалось все больше неделящихся нейробластов.
Далее ученые провели секвенирование РНК отдельных ядер образцов hMGE, соседних перивентрикулярных областей, содержащих мигрирующие интернейроны, и корковых областей, содержащих зрелые интернейроны. Образцы охватывали 22–30 неделю беременности и 2–3 неделю после рождения. В них ученые идентифицировали микроглиальные клетки (17342 штуки) и кортикальные ГАМКергические нейроны, включающие как предшественники, так и молодые и зрелые клетки (17667 штук). Анализ пар лиганд–рецептор показал, что самая высокая вероятность коммуникации была у пары IGF1 и IGF1R — инсулиноподобного фактора роста 1 и его рецептора, то есть большинство клеток взаимодействовали через них. IGF1 преимущественно экспрессировался микроглией во время эмбриональной стадии, но также его экспрессировали зрелые интернейроны после рождения. Рецептор IGF1R экспрессировали интернейроны и их предшественники, особенно на эмбриональной стадии. Исследователи заключили, что во время развития эмбриона микроглия синтезирует IGF1 и таким образом может регулировать пролиферацию нейробластов и развитие интернейронов в hMGE.
Чтобы проверить это, исследователи создали органоиды MGEO, включающие индуцированные плюрипотентные стволовые клетки человека (hiPSC). В возрасте шести недель полученные органоиды содержали зоны, подобные вентрикулярным, где располагались клетки-предшественники и ГАМКергические интернейроны. Делящиеся предшественники включали как радиальные глиальные клетки, так и нейробласты, а их пространственная организация повторяла организацию радиальной глии и нейробластов в развивающемся hMGE. К 24 неделе пролифелирующие нейробласты собирались в кластеры, подобные гнездам.
На четвертой неделе развития органоидов ученые трансплантировали в них микроглию, которая развивалась подобно эмбриональной микроглии человека и накапливалась вокруг областей с делящимися предшественниками. Секвенирование РНК отдельных ядер органоидов с микроглией и без нее в возрасте шести недель показало, что в органоидах с микроглией было значительно больше делящихся клеток радиальной глии и предшественников интернейронов (18 процентов против 12). Чтобы проверить, связано ли это с инсулиноподобным фактором роста, ученые обработали органоиды либо IGF1, либо нейтрализующими этот белок антителами. Обработка IGF1 увеличивала плотность делящихся клеток в органоидах без микроглии, а обработка антителами снижала эту плотность в органоидах с микроглией. Дополнительно ученые трансплантировали в органоиды мутантную микроглию, которая не экспрессировала IGF1, и наблюдали, что плотность профилирующих клеток при этом не увеличивается, хотя мутантная микроглия распределена так же, как обычная. Эту проблему удалось устранить, добавив рекомбинантный человеческий IGF1 к таким органоидам.
Авторы заключили, что микроглия с помощью инсулиноподобного фактора роста усиливает деление предшественников нейронов и радиальной глии и регулирует развитие ГАМКергических интернейронов в hMGE, начиная со второго триместра беременности. Кроме того, на мышах исследователям не удалось повторить эти результаты: нокаут гена IGF1 в микроглии не влиял на пролиферацию предшественников в мышином MGE. Возможно, у грызунов роль регулятора играет IGF2, поскольку ранее было показано, что у них он участвует в нейрогенезе взрослых. Таким образом, описанный механизм видоспецифичен.
Недавно ученые нашли РНК делящихся предшественников нейронов в гиппокампе взрослых людей и интерпретировали это как подтверждение нейрогенеза у взрослых.
Языковые модели сгенерировали рабочий вирусный геном
Используя геномные языковые модели Evo 1 и Evo 2, американские исследователи под руководством Брайана Хая (Brian L. Hie) из Института Arc сгенерировали полные геномы бактериофагов, похожих на хорошо изученный вирус ΦX174. При этом смесь сгенерированных фагов приспособилась заражать три линии Escherichia coli, устойчивые к ΦX174. Этих результатов уже достаточно для эффектного заголовка о вирусах, созданных искусственным интеллектом. Но за кликбейтом скрывается более интересный вопрос: что именно в этом эксперименте сделала модель — и насколько далеко генерация последовательностей уже продвинулась в сторону проектирования сложных функциональных биологических систем с заданными свойствами?