Каталог функций человеческих генов выложили в открытый доступ
Он охватывает почти 82 процента генов, кодирующих белки
Пол Томас (Paul Thomas) из Университета Южной Калифорнии с коллегами из США и Швейцарии и международный консорциум Gene Ontology Consortium представили наиболее полный на сегодняшний день электронный каталог функций человеческих генов (функционома). Для его создания использовали экспериментальные данные более 175 тысяч исследований, которые интегрировали эволюционно моделирование под контролем экспертов, позволившее реконструировать усиление и утрату функциональных характеристик генов в ходе эволюции. Процесс работы над проектом описан в журнале Nature.
В настоящем виде каталог содержит аннотации 68667 функций 17079 человеческих генов, кодирующих белки, что составляет 81,9 процента от общего их числа согласно базе UniProt. 38 процентов функций были подтверждены непосредственно, остальные 62 процента — выведены по деревьям данных о гомологии. Все экспериментальные подтверждения функциональных характеристик указаны в их описаниях. Полученная база данных находится в открытом доступе.
Языковые модели сгенерировали рабочий вирусный геном
Используя геномные языковые модели Evo 1 и Evo 2, американские исследователи под руководством Брайана Хая (Brian L. Hie) из Института Arc сгенерировали полные геномы бактериофагов, похожих на хорошо изученный вирус ΦX174. При этом смесь сгенерированных фагов приспособилась заражать три линии Escherichia coli, устойчивые к ΦX174. Этих результатов уже достаточно для эффектного заголовка о вирусах, созданных искусственным интеллектом. Но за кликбейтом скрывается более интересный вопрос: что именно в этом эксперименте сделала модель — и насколько далеко генерация последовательностей уже продвинулась в сторону проектирования сложных функциональных биологических систем с заданными свойствами?