Мультиомный атлас мозга приматов выложили в открытый доступ

Сяоцюнь Ван (Xiaoqun Wang) из Китайской академии наук с коллегами представил мультиомный атлас мозга шести видов приматов, включая человека. Для его создания исследователи воспользовались собственными наработками и базами данных PubMed, Gene Expression Omnibus (GEO), UCSC Cell Browser, NeMO, Descartes, EMBL-EBI и Allen Brain Map, чтобы собрать и интегрировать имеющиеся в открытом доступе результаты транскриптомных исследований отдельных клеток, пространственного транскриптомного и эпигеномного анализов мозга. Полученные матрицы экспрессии генов сопоставили с референсными геномами человека, шимпанзе, гориллы, макака-резуса, макака-крабоеда и обыкновенной игрунки. Результаты опубликованы в журнале Nucleic Acids Research.

Проанализированные и интегрированные данные собрали в атлас под названием MAPbrain. Он содержит данные о 21 миллионе клеток из 38 ключевых областей и 463 подобластей мозга во всех периодах эмбрионального и послеродового развития (в общей сумме 164 временных точки). Навигация атласа позволяет изучать как отдельные клетки, так и транскриптом и эпигеном в целом, рассматривать специфичные для клеток разных типов и разных стадий развития молекулярные маркеры, сравнивать профили экспрессии генов в разных участках мозга и у разных видов приматов. Пользователи могут загружать собственные данные на онлайн-платформу и анализировать их. Атлас выложен в открытый доступ.