Ученые проанализировали 2762 генома современных жителей Индии
Генетики прочитали ДНК 2762 современных жителей Индии, представляющих различные этнолингвистические группы. Проанализировав эти геномы, они пришли к выводу, что большинство популяций так называемой индийской клины происходят от трех предковых групп, связанных с древними иранскими земледельцами, древними евразийскими степными скотоводами и южноазиатскими охотниками-собирателями. Исследователи также обнаружили, что в генофонде этих людей присутствует около двух процентов примеси от архаичных людей. Более того, объединив обнаруженные интрогрессированные сегменты, генетики реконструировали примерно на 50 процентов неандертальский геном и на 20 процентов геном денисовцев. Препринт статьи выложен на сайте bioRxiv.org.
Индия — крупнейшая по населению страна в мире, в которой проживает около 1,5 миллиарда человек, относящихся к многочисленным расовым, этническим и языковым группам. При этом история того, как формировалось это разнообразие все еще изучена плохо. Согласно одной из точек зрения, основная часть населения сложилась из трех предковых популяций. Самая древняя из них — это охотники-собиратели, которые прибыли в Южную Азию около 50 тысяч лет назад, то есть после так называемого выхода из Африки людей современного вида (Homo sapiens). Кроме того, исследователи допускали, что, возможно, эта волна смешалась с еще более древним населением, которое обитало в этом регионе и пережило извержение супервулкана Тоба, произошедшее около 74 тысяч лет назад.
Вторая предковая популяция, возможно, появилась в Южной Азии в эпоху неолита и принесла из Юго-Западной Азии производящее хозяйство, а также дравидийские языки, которые сегодня в первую очередь распространены в южной части Индии. Еще одна предполагаемая волна — это так называемое вторжение индоарийцев, которые принесли в регион индоевропейские языки между 4000 и 3000 лет назад.
Чтобы уточнить генетическую историю популяций Индии, Элиза Кердонкафф (Elisa Kerdoncuff) из Калифорнийского университета в Беркли совместно с коллегами из Индии, США и Финляндии прочитала ДНК 2762 человек, которые представляли большую часть географических регионов Индии, носителей основных языков, а также зарегистрированные касты и племена. После того как ученые провели контроль качества и удалили из выборки родственников первой степени, для большинства анализов они оставили 2620 геномов.
Генетики подтвердили, что подавляющее большинство или все предки современных жителей Индии происходят людей, которые вышли из Африки около 50 тысяч лет назад. Судя по молекулярным часам, время расхождения их предков и африканцев, проживающих к югу от Сахары, составляет около 53,9 тысячи лет. Однако исследователи подчеркнули, что, возможно, более древнее население Южной Азии принесло в генофонд этих людей от ноля до трех процентов примеси. Также генетики отметили, что структура населения Индии коррелирует с местом рождения и языковой принадлежностью. Они выделили три основных кластера. Первый представлял собой так называемую индийскую клину, которая включала большинство носителей индоевропейских и дравидийских языков, проживающих на севере и юге Индии. Второй кластер объединял людей в основном из Центральной и Восточной Индии. Они оказались генетически близки к южноазиатским охотникам-собирателям, которые отдаленно связаны с андаманскими аборигенами. Третий кластер включал людей с востока и северо-востока Индии, часть предков которых происходила из Восточной Азии.
По данным исследователей, происхождение более 90 процентов представителей так называемой индийской клины можно представить из трех предковых компонент: древних иранских земледельцев (в качестве источника они использовали географически и хронологически более близкие геномы людей эпохи бронзы из археологического памятника Шахри-Сухте и Бактрийского-Маргианского археологического комплекса), степняков среднего и позднего бронзового века, а также андаманских аборигенов, с помощью которых они моделировали южноазиатских охотников-собирателей. Причем для 22 людей из этого кластера не требовалась компонента, связанная со степняками эпохи бронзы. По данным исследователей, основную массу геномов так называемой индийской клины можно смоделировать из древних иранских земледельцев (около 27–68 процентов предков), андаманских аборигенов (около 19–69 процентов предков), а также степняков среднего и позднего бронзового века (около 0–45 процентов предков). Причем доля предков, отдаленно связанных с андаманскими аборигенами, заметно коррелировала с географией (выше на юге, ниже на севере), языком (выше у носителей дравидийских языков, ниже у носителей индоевропейских языков), а также с этносоциальной принадлежностью (была выше у представителей зарегистрированных каст и племен, чем у остальных).
Ученые также изучили вклад архаичных людей в генофонд населения Индии. По их данным, в среднем он составляет около 2,07 процента (1,84–2,34 процента при доверительном интервале (ДИ) 95 процентов). Долю неандертальской примеси они оценили примерно в 1,48 процента (1,3–1,69 процента при ДИ 95 процентов), а денисовской — в 0,14 процента (0,07–0,21 процента при ДИ 95 процентов). Еще примерно 0,42 процента примеси (0,37–0,48 процента при ДИ 95 процентов) также имеет архаичное происхождение. Возможно, это результат генетических различий между неандертальцами и денисовцами, чьи геномы удалось прочитать, и теми, кто в действительности смешивался с представителями нашего вида.
Кроме того, генетики собрали все непересекающиеся сегменты геномов, доставшиеся индийским популяциям от неандертальцев и денисовцев. Это позволило им частично реконструировать геномы архаичных людей, участвовавших в смешении. Так, гипотетический геном неандертальца они восстановили примерно на 50 процентов (примерно 1,5 миллиарда пар оснований), а денисовца — приблизительно на 20 процентов (около 0,6 миллиарда пар оснований). Для сравнения: самый качественный опубликованный неандертальский геном состоит из 1,65 миллиарда пар оснований). Исследователи также отметили, что в генофонде изученных популяций они выявили однократный поток неандертальских генов. Причем в этом процессе участвовали архаичные люди, которые на 83 процента схожи с неандертальцами из хорватской пещеры Виндия. Также большинство предков современных жителей Индии получили однократный поток генов от денисовцев, которые похожи на алтайских денисовцев всего лишь на 47 процентов. Исключением оказались люди с северо-востока Индии, в чьих геномах ученые увидели вклад от двух денисовских популяций, одна из которых примерно на 84 процента схожа с алтайскими гомининами, а другая — лишь на 46-50 процентов.
Ранее мы рассказывали, как генетики исследовали происхождение современных англичан. Они смоделировали его из трех предковых компонент: раннесредневековых континентальных северных европейцев, населения Британии позднего железного века и населения современной Франции железного века.