Статью о постепенном возникновении омикрона в Африке отозвали из Science

Авторы статьи о том, что омикрон-вариант SARS-CoV-2 эволюционировал постепенно, отозвали свою работу. Из их расчетов получалось, что омикрон возник задолго до того, как его обнаружили эпидемиологи, и долго циркулировал в Африке, постепенно собирая мутации. После того, как статью опубликовали в Science, на нее обратили внимание другие ученые и предположили, что в данных может быть ошибка. Авторам пришлось перепроверить свои результаты — и признать, что часть образцов, на которых строились выводы статьи, скорее всего, была загрязнена.

На сегодняшний день журналы опубликовали уже более 1,2 миллиона статей, посвященных ковиду. Однако, даже несмотря на рецензирование, не все статьи выдерживают критику научного сообщества. Например, в 2021 году в журнале Vaccines вышла статья о рисках, которые несут вакцины против ковида. Авторы сообщали, что за три смерти, которые предотвратит прививка, общество заплатит двумя смертями, которые она спровоцирует. Но вскоре редакторы журнала отозвали статью и объяснили, что авторы неверно интерпретировали данные. Сегодня, согласно данным проекта Retraction Watch, отозваны по разным причинам уже 280 статей о коронавирусе.

Омикрон-вариант коронавируса впервые выявили в ноябре 2021 года в Южной Африке и Ботсване. Откуда он появился, до сих пор точно неизвестно. Ученые рассматривали три версии. Согласно первой, коронавирус попал от людей к каким-то животным, долго циркулировал в их популяции и затем вернулся к людям. Вторая версия предполагала, что коронавирус мог эволюционировать в организме одного пациента с хронической болезнью — например, раком или ВИЧ-инфекцией. Поскольку при этом иммунитет ослаблен, он дольше борется с коронавирусом — и у того есть время, чтобы превратиться в вариант, который сможет обойти иммунный ответ.

Согласно третьей версии, омикрон мог возникнуть в той части света, где популяция живет изолированно — поэтому вирус может постепенно мутировать, оставаясь незамеченным. Однако эту версию быстро раскритиковали: ученые усомнились в том, что в мире есть настолько изолированное сообщество, чтобы омикрон мог там долго циркулировать и не попасть в другие страны и континенты. Именно эту версию подтверждала статья, опубликованная в Science в начале декабря.

Феликс Дрекслер (Jan Felix Drexler) из университетской больницы Шарите в Берлине и 86 его коллег проверили более 13 тысяч образцов, взятых в 22 африканских странах с середины 2021 по начало 2022 года у пациентов с лабораторно подтвержденным ковидом. На основании этих данных они построили графики того, как на смену дельта-варианту приходил омикрон и в начале новой волны менялись репродуктивное число R и число заболевших. Кроме того, в образцах 25 пациентов из Восточной и Западной Африки, которые были собраны еще в августе и сентябре 2021 года (за несколько месяцев до официальной регистрации штамма в Южной Африке), ученые обнаружили следы BA.1 — первой разновидности омикрона.

Затем исследователи отсеквенировали пять геномов из этих 25 образцов и обнаружили там не только мутации, характерные для исходного, «уханьского» варианта, но и мутации, присущие омикрону. На основании этого ученые предположили, что имеют дело с промежуточными вариантами в эволюции омикрона. По их мнению, мутации постепенно накапливались в гене спайк-белка, а предки омикрона присутствовали в африканских странах за несколько месяцев до того, как сам омикрон стал распространяться по миру.

Статья сразу подверглась критике в интернете со стороны научного сообщества. Арис Кацуракис (Aris Katzourakis), вирусолог-эволюционист из Оксфордского университета, отнесся к этой работе скептически и посоветовал не воспринимать ее как окончательный вариант происхождения омикрона. А биолог-эволюционист из Аризонского университета в Тусоне Майкл Воробей (Michael Worobey) написал в твиттере, что, скорее всего, африканские образцы содержали дельта-вариант и были загрязнены продуктами ПЦР BA.1. А вирусы-предшественники, о которых писали авторы статьи, — это, по его мнению, ложно положительный результат.

Unfortunately, it is very likely that the ostensibly Omicron progenitor viruses from as early as August 2021, reported in this @ScienceMagazine paper, are false positives.

I think the most likely explanation = Delta w/ contamination by BA.1 PCR products.https://t.co/KwlaiTsx84
— Michael Worobey (@MichaelWorobey) December 3, 2022
 

После этого авторы исследования повторно проанализировали свои данные и остатки образцов — и действительно обнаружили в них смесь из фрагментов геномов, принадлежащих разным вариантам SARS-CoV-2. Но после этой проверки образцов уже не осталось. Поэтому повторно провести исследование авторы не смогли и решили отозвать свою работу. При этом данные о заболеваемости в Африке они оставили в открытом доступе — к ним вопросов ни у кого не возникло.

Критики статьи говорят, что ошибки нужно было обнаружить в процессе рецензирования — или еще раньше, если бы авторы выложили свою работу на сайт препринтов. При этом один из ученых, которых журнал просил просмотреть статью, рассказал корреспонденту сайта Science, что в своей рецензии обратил внимание на недостатки работы. Главный редактор научного журнала Science Холден Торп (Holden Thorp) взял ответственность за публикацию и выразил сожаление, что проблемы не были обнаружены ранее. Однако он заметил, что «рецензенты оказали более чем достаточную поддержку для публикации статьи». В свою очередь Дрекслер согласился, что публикация препринта помогла бы сразу обнаружить проблемы в данных и избежать отзыва статьи.

Недавно, например, научное сообщество уже раскритиковало препринт с обвинениями китайских эпидемиологов в адрес горожанина — который якобы заразил ковидом более 30 человек во время пробежки. Об этом мы рассказывали в материале «Заразить за 60 секунд».