Одни из первых микроорганизмов на Земле могли быть магнитотактическими — ученые пришли к такому выводу, впервые обнаружив геном магнитотактической бактерии в филуме Elusimicrobia. Ранее считалось, что магнитотактические бактерии появились 3,2 миллиарда лет назад, но новые данные указывают на то, что бактерии, близкие к последнему общему бактериальному предку, жившему около 3,6 миллиардов лет назад, уже могли быть магнитотактическими. Статья опубликована в журнале Scientific Data.
Магнитотактические бактерии (МТБ) отличаются способностью к синтезу магнетосом — специальных клеточных органелл, представляющих собой продукт биоминерализации железа. Они образованы кристаллами магнетита или грейгита, покрытыми липопротеиновой мембраной. Благодаря магнетосомам МТБ способны ориентироваться в пространстве по силовым линиям магнитного поля Земли. Движение по таким ориентирам производится с помощью жгутиков и называется магнитотаксисом. Синтез магнетосом контролируется магнетосомным геномным кластером, в который входят уникальные гены, участвующие во всех этапах биоминерализации. Основные гены, присутствующие в геномах всех МТБ, называются mam (magnetosome membrane) генами. Существуют и группоспецифичные гены: например, man гены присутствуют только у МТБ филума Nitrospirae и, вероятно, отвечают за пулевидную форму магнетосом.
Магнитотактические бактерии имеют большое значение для медицины: представителей этой группы уже начали использовать при лечении рака. Благодаря своим магнитным свойствам и наличию мембраны магнетосомы могут использоваться для доставки лекарства непосредственно к опухоли. Ученые уже более 50 лет ищут представителей этой группы в окружающей среде. За этот срок им удалось найти всего лишь 60 геномов, 45 из которых относятся к филуму Proteobacteria.
Микробиологи продолжают искать магнитотактиков в почве, воде и донных отложениях (они могут обитать только в среде со значительным количеством воды), но это весьма непростая задача: практически в любом микробоценозе они составляют не более одного процента от общего количества бактерий. В последние годы появились новые возможности для подобных исследований благодаря увеличению количества геномных и метагеномных данных в открытых базах. Ученые со всего мира загружают туда новые метагеномные данные, но большая часть таких последовательностей не используется — в метагеномах авторы исследований ищут только представителей интересующих их групп.
Российские ученые из Института биоинженерии РАН под руководством Дениса Груздева (Denis Grouzdev) провели первый в мире широкомасштабный поиск геномов магнитотактических бактерий, опираясь на данные открытых баз NCBI и IMG. Для этого они использовали все геномы в обеих базах на апрель 2018 года и 10587 метагеномов из IMG. В каждом геноме и метагеноме авторы исследования провели поиск mam генов. Метагеномы, последовательности в которых включали такие гены, они сохраняли для последующей обработки. Ученые реконструировали геномы, содержащие гены магнетосомного геномного кластера, с помощью программ BusyBee, MaxBin2 и MyCC и составили консенсусную сборку в DasTool.
Всего авторы исследования выявили 38 геномов с нужными генами. Определяя их филогенетическое положение, они впервые обнаружили МТБ в филумах Elusimicrobia, Nitrospinae и Ca. Hydrogenedentes. Реконструкция генов магнетосомного геномного кластера позволила строить гипотезы о происхождении и эволюции магнитотаксиса. В ходе исследования авторы первыми выявили наличие man генов у МТБ класса Deltaproteobacteria, что может свидетельствовать о горизонтальном переносе генов между филумами, что ранее не наблюдалось среди МТБ. Кроме того, методом главных компонент был предсказан химический состав магнетосом у МТБ из новых филогенетических групп. Вероятно, МТБ филумов Elusimicrobia и Ca. Hydrogenedentes синтезируют магнетосомы грейгитового состава, а Nitrospinae — магнетитового.
Обнаружение МТБ в филуме Elusimicrobia — значительное эволюционное открытие. На последней версии бактериального дерева жизни Elusimicrobia находится очень близко к последнему общему бактериальному предку, который появился 3,6 миллиарда лет назад. Авторы исследования отмечают, что теперь есть основания предполагать, что магнитотактики появились не 3,2 миллиарда лет назад, как считалось ранее, а могли быть одними из самых первых бактерий на нашей планете.
Недавно ученые секвенировали ядерный геном водоросли Prasinoderma coloniale и выяснили, что празинодермы отделились от общего ствола зеленых растений раньше, чем любой из двух существующих отделов. Благодаря этому было принято решение выделить третий отдел зеленых растений — Prasinodermophyta.
Марина Попова
Он повышает синтез высокомолекулярной гиалуроновой кислоты
Американские и российские исследователи обнаружили, что трансгенные мыши с повышенной экспрессией гена синтазы гиалуроновой кислоты от голых землекопов меньше подвержены спонтанному и индуцированному раку, дольше живут и дольше сохраняют здоровье. Кроме того, у таких животных значительно снижен уровень воспаления в различных тканях. Отчет о работе опубликован в журнале Nature. Голые землекопы (Heterocephalus glaber) выделяются среди грызунов крайне высокой продолжительностью жизни (в неволе — более 40 лет). Кроме того, у них слабее работают рецепторы внутреннего уха и механизмы торможения в нервной системе, зато замедлено клеточное старение и короче иммунная память (из-за чего у них больше наивных лимфоцитов для реакции на новые инфекции). Одно из главных отличий голых землекопов от других млекопитающих состоит в том, что они практически не болеют раком. Как было показано ранее, это связано с высоким содержанием в их тканях высокомолекулярной гиалуроновой кислоты. Этот гликозаминогликан составляет основу внеклеточного матрикса, участвует в пролиферации и миграции клеток, а также влияет на прогрессирование опухолей, причем его свойства зависят от молекулярной массы — высокомолекулярный обладает защитными свойствами, низкомолекулярный — наоборот. Голые землекопы продуцируют гиалуроновую кислоту с крайне высокой молекулярной массой (более 6,1 мегадальтона), которая оказывает мощную цитопротекцию. Чтобы проверить, производит ли она схожий эффект у других видов животных, сотрудники Университета Рочестера, Гарвардской медицинской школы, Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и Московского государственного университета под руководством Андрея Селуанова (Andrei Seluanov) и Веры Горбуновой (Vera Gorbunova) создали трансгенных мышей с управляемой повышенной экспрессией гена синтазы 2 гиалуроновой кислоты голого землекопа (nmrHas2). У самок и самцов таких животных наблюдалось повышенное содержание высокомолекулярной гиалуроновой кислоты в мышцах, сердце, почках и тонкой кишке; низкое — в печени и селезенке, утилизирующих ее. Тем не менее оно было ниже, чем у голых землекопов, что, вероятно, связано с более высокой активностью гиалуронидазы у мышей. Наблюдения в когортах из 80–90 животных показало, что экспрессирующие трансген nmrHas2 мыши умирают от спонтанного рака реже, чем обычные (57 против 70 процентов). Эта разница была еще заметнее у пожилых (старше 27 месяцев) животных — 49 против 83 процентов. В эксперименте по химической индукции кожного канцерогенеза нанесением 7,12-диметилбензантраценом (DMBA) и форбол-12-миристат-13-ацетатом (TPA) число папиллом на 21-й неделе от него у трансгенных мышей было почти вдвое меньше, чем у обычных. От пола животных подверженность раку не зависела. Масса тела животных из обеих групп в течение жизни не различалась. При этом экспрессирующие nmrHas2 мыши жили дольше, чем обычные — медианная продолжительность жизни у них была на 4,4 процента, а максимальная — на 12,2 процента больше. У животных женского пола сильнее различалась медианная продолжительность жизни (на девять процентов), а мужского — максимальная (на 16 процентов). Оценка эпигенетического возраста по паттернам метилирования ДНК в печени в возрасте 24 месяцев показала, что у трансгенных мышей он примерно на 0,2 года меньше хронологического. Животные из основной группы жили не только дольше жили, но и дольше оставались здоровыми. У них медленнее, чем в контрольной группе, возрастал интегральный индекс немощности (frailty index), который рассчитывается по 31 физиологическому показателю, и они в пожилом возрасте сохраняли подвижность и координацию движений в тесте на ротароде. Кроме того, у трансгенных самок замедлялось развитие остеопороза. Анализ транскриптомов различных органов и тканей экспрессирующих nmrHas2 пожилых мышей выявил особенности, присущие молодым животным, и пониженный уровень воспаления, связанного с возрастом. Молекулярные исследования показали, что высокомолекулярная гиалуроновая кислота производит противовоспалительные и иммунорегулирующие эффекты, а также предохраняет клетки от окислительного стресса. Кроме того, она стимулирует барьерную функцию кишечного эпителия, сохраняет стволовые клетки кишечника и поддерживает оптимальный состав кишечной микробиоты, что дополнительно способствует снижению возрастного воспаления. Таким образом, высокомолекулярная гиалуроновая кислота, произведенная трансгеном nmrHas2, продлила жизнь мышей и сохранила их здоровье в пожилом возрасте, подавляя возрастные воспалительные реакции. Это значит, что эволюционные адаптации долгоживущих животных, таких как голый землекоп, можно искусственно воспроизвести у других видов — возможно, и у человека — с пользой для их здоровья. Также полученные результаты указывают на потенциал клинического применения высокомолекулярной гиалуроновой кислоты для лечения возрастных воспалительных заболеваний кишечника и других органов, заключают авторы работы. В 2016 году исследователи из Великобритании, Германии и ЮАР выяснили, что низкая болевая чувствительность голых землекопов связана с мутацией гена одного из рецепторов воспринимающих боль нейронов. Годом позже американские, немецкие, британские и южноафриканские ученые показали, что эти животные могут долго обходиться без кислорода — в эксперименте они выжили 18 минут в атмосфере чистого азота, после чего восстановили аэробный метаболизм.