Нейроны зубчатой извилины гиппокампа, которые появляются в результате нейрогенеза у взрослых мышей, участвуют в консолидации контекстно-зависимой памяти во время фазы быстрого сна. Большинство молодых нервных клеток, которые возбуждались во время сна, были активны и при предшествующем обучении. Подавление или активация новых нейронов во время быстрого сна нарушили консолидацию памяти и работу немедленных ранних генов клеток зубчатой извилины, а на самих молодых нейронах появились удлиненные шипики. Исследование опубликовано в журнале Neuron.
Зубчатая извилина гиппокампа — одна из двух областей, в которой обнаружен взрослый нейрогенез, но функции молодых нейронов в нем пока изучены мало: отчасти из-за того, что таких клеток немного, а отчасти — из-за того, что их открыли относительно недавно. Уже ясно, что молодые нейроны играют важную роль в формировании памяти — сам гиппокамп является ключевой структурой для долговременной эпизодической памяти, а новые нейроны особенно пластичны, что удобно для создания памятных следов.
Чтобы доказать участие молодых нервных клеток в процессах памяти, в нескольких работах их затормаживали с помощью методов оптогенетики во время обучения или извлечения памяти. В одном из экспериментов активность молодых нейронов пробовали как понижать, так и повышать. Интересно, что все перечисленные манипуляции привели к нарушению памяти — значит, для запоминания важна тонкая настройка новых нервных клеток.
Ученые из Великобритании, США и Японии под руководством Масанори Сакагути (Masanori Sakaguchi) из Университета Цукубы с помощью кальциевой визуализации регистрировали активность молодых нейронов мышей во время обучения и при последующей консолидации памяти во сне. Они создали линию мышей, в молодых (меньше четырех недель) нейронах которых экспрессировался кальциевый биосенсор. При активации клетки в ее цитоплазму входил кальций, и сенсор начинал флуоресцировать. Свечение в гиппокампе улавливал микроэндоскоп — микроскоп, который крепится на голове мыши и позволяет ей свободно двигаться.
У мышей вырабатывали память на контекст: животных помещали в экспериментальную камеру и били током либо сразу, либо через шесть минут. В первом случае боль не ассоциировалась с видом камеры, а во втором формировалась память о связи контекста и неприятных ощущений. Когда мышей возвращали в ту же камеру через сутки, животные из первой группы вели себя спокойно, а из второй замирали (так мыши проявляют страх).
Активность молодых нейронов во время бодрствования была выше, чем во сне, а после обучения новые нейроны во время фазы быстрого сна возбуждались ещё меньше (p < 0,05). Ученые решили проследить за динамикой активности индивидуальных нейронов до, во время и после обучения. Больше половины нейронов, которые были активны во время фазы быстрого сна после формирования памяти, были возбуждены и во время самого обучения, но не при извлечении памяти, тогда как активность остальных нейронов оставалась постоянной во время всех экспериментальных процедур. Значит, часть молодых нервных клеток участвует в формировании памятного следа и его перестройке во время фазы быстрого сна, хотя в целом активность новых нейронов в фазу быстрого сна после обучения снижается.
Чтобы доказать участие молодых нейронов в консолидации памяти, их оптогенетически затормаживали во время быстрого сна после обучения. Влияние процедуры на работу зубчатой извилины гиппокампа и памятный след оценивали четырьмя способами. Во время сна записывали ЭЭГ зубчатой извилины — во время фазы быстрого сна на ней возникают тета-ритмы, которые необходимы для консолидации памяти. Во-вторых, сразу после затормаживания молодых нейронов секвенировали РНК зубчатой извилины, чтобы проанализировать активность генов в этой области. Кроме того, оценивали длину шипиков нейронов гиппокампа — после обучения нейроны перестраиваются и формируют новые отростки, а во время фазы быстрого сна они укрепляются. Наконец, после затормаживания новых нейронов в фазе быстрого сна проверяли сохранность памятного следа — животных сажали в камеру, в которой накануне их били током и замеряли уровень замирания.
Затормаживание молодых нейронов не нарушило тета-ритмы гиппокампа, но снизило экспрессию ряда немедленных ранних генов - это указывает на нарушение активности нейронов и их синаптической пластичности, необходимых для консолидации памяти. После обучения на молодых нейронах появилось больше шипиков, а их головки стали крупнее. В нейронах, активность которых подавляли во время фазы быстрого сна, шипики были более длинными. Удлинение отростков дендритов связывают с ослаблением синаптических связей и десинхронизацией возбуждения нейронов; длинные шипики также характерны для молодых нейронов мышей с нарушениями рабочей памяти.
Мыши, молодые нейроны которых затормаживали во время фазы быстрого сна, не замирали в экспериментальной камере на следующий день. Такого эффекта не было, если активность нейронов подавляли вне окна консолидации памяти (через шесть часов после обучения), во время медленной фазы сна или бодрствования, а также когда воздействовали на незрелые (двухнедельные) или, наоборот, полностью сформированнные 10-недельные новые нейроны. Памятный след нарушала даже выборочная активация части молодых нейронов во время фазы быстрого сна. Ученые сделали вывод, что новые нейроны участвуют в консолидации контекстно-зависимой памяти во время фазы быстрого сна, причем важна тонкая настройка их работы — как торможение, так и излишняя активация нарушают памятный след.
Исследованию группы Масанори Сакагути предшествовала работа команды Натана Дэниелсона (Nathan Danielson) 2016 года. Тогда ученые впервые попробовали изменять активность молодых нейронов и выяснили, что тонкая настройка работы новых клеток необходима для успешной консолидации памяти.
Алиса Бахарева
Проект получил название Unknome
Британские исследователи представили пополняемую и редактируемую пользователями базу данных белков, в которой они ранжируются по степени того, насколько мало о них известно. Проект призван обратить внимание на подобные белки и ускорить процесс их изучения. Публикация об этом появилась в журнале PLoS Biology. Как известно со времени прочтения человеческого генома, в нем закодировано примерно 20 тысяч белков. Применение протеомного и транскриптомного подхода в прошедшие после этого два десятилетия подтвердило, что большинство из них экспрессируются, и позволило выяснить назначение многих из них. Тем не менее, многие белки до сих пор остаются не охарактеризованными несмотря на то, что значительная их часть эволюционно консервативна и может выполнять критически важные функции. Во многом это связано с тем, что исследователи склонны фокусироваться на уже изученных белках, поскольку такие работы дают более предсказуемый результат. Чтобы систематизировать подход к идентификации и характеризации неизвестных белков, сотрудники Лаборатории молекулярной биологии британского Совета по медицинским исследованиям, Кембриджского и Оксфордского университетов под руководством Мэтью Фримена (Matthew Freeman) и Шона Манро (Sean Munro) создали и выложили в открытый доступ базу данных Unknome (буквально «незном», сокращенное от unknown genome — «неизвестный геном»). Она содержит ортологичные по базе PANTHER и собранные в кластеры последовательности белков человека и популярных модельных животных (таких, например, как кишечная палочка, дрозофила и мышь), взятые из базы UniProt. Им присваивается численная оценка «известности» (knownness) на основании аннотаций в проекте Gene Ontology (GO). Пользователи могут присваивать им свою оценку, исходя из имеющейся информации. Авторы работы оценили пригодность Unknome как основания для экспериментальной работы, выбрав с его помощью набор из 260 белков дрозофилы с неизвестными функциями (показатель известности 1,0 и менее), сохранившихся у людей. Нокдаун некоторых из этих генов с помощью РНК-интерференции приводил к утрате жизнеспособности. Функциональный скрининг остальных указал на участие некоторых в фертильности, развитии организма, передвижении, контроле качества синтезированных белков и устойчивости к стрессу. Выборочное выключение генов с использованием CRISPR/Cas9 определило два гена, отвечающих за мужскую фертильность, и компонент сигнального пути Notch, принимающего участив нейрогенезе, онкогенезе и связанного с различными неврологическими заболеваниями и пороками развития. Исследователи заключают, что тщательная оценка недостаточности знаний о функции гена и кодируемого им белка предоставляет ценный ресурс для поиска направлений биологических исследований и, возможно, стратегий их эффективного финансирования. Иногда на точность генетических баз данных могут влиять весьма неожиданные факторы. В материале «Наследили тут» можно почитать о том, как данные в одной из таких баз оказались испорчены неизвестными паразитами.