Калифорнийские микробиологи обнаружили более 350 бактериофагов (вирусов бактерий) с крупным геномом, в котором закодированы многие элементы системы синтеза белков и ранее неизвестные варианты CRISPR-Cas, сообщается в Nature. Предполагается, что эти вирусы используют систему бактериального иммунитета CRISPR для борьбы с фагами-конкурентами.
Бактериофаги чаще всего извлекают из бактерий, которые можно вырастить в лабораториях, а их круг ограничен. В то же время фаги играют большую роль в регуляции природных экосистем: контролируют численность микроорганизмов, уничтожая их, или, наоборот, повышая их устойчивость к антибиотикам. Тем не менее, про вирусы бактерий «из природы» известно мало.
Кроме того, их изучение затрудняет и то, что в лабораторных исследованиях для выделения бактериофагов часто применяют фильтры с отверстиями диаметром 100 либо 200 нанометров, через которые не проходят клетки, но также могут не пройти и крупные вирусные частицы (скажем, гигантские вирусы амеб имеют диаметр 300 нанометров и более). Вероятно, из-за этого некоторые большие фаги до сих пор не обнаружили.
Поэтому Джиллиан Бэнфилд (Jillian Banfield) и сотрудники ее лаборатории в Калифорнийском университете в Беркли собрали образцы ДНК из озер и рек, горячих источников, различных почв, морских донных отложений, пещер, а также фекалий человека и других животных. Все фрагменты, которые явно не принадлежали археям и их вирусам, самим бактериям, а также эукариотическим (с клетками, имеющими ядро) организмам и их вирусам, отнесли к ДНК фагов.
На основе предполагаемой ДНК бактериофагов исследователи собрали 351 последовательность нуклеотидов. Из них вручную собрали 35 полных фаговых геномов. Остальные несколько десятков, по мнению ученых, получились неполными. Среди этих 35 четыре имели длину больше 630000 пар оснований, а до сих пор самый длинный известный геном бактериофага включал 596000.
В ряде последовательностей ДНК выявили гены, которые обычно управляют синтезом белка: кодируют факторы транскрипции и трансляции, транспортные РНК (нужны для переноса аминокислот к рибосомам) и рибосомальные белки. В самих вирусных частицах нет рибосом, и синтез белка там идти не может. Поэтому ученые предположили, что бактериофаги запускают действие описанных генов в клетке-хозяйке, «взламывая» там процессы транскрипции и трансляции и настраивая их под какие-то свои нужды.
Интереснее всего то, что в некоторых геномах новых фагов нашли компоненты системы CRISPR-Cas, которую бактерии используют для борьбы с вирусами. Фаговая CRISPR-Cas отличалась от бактериальной. В ней, в частности, отыскали новый небольшой белок семейства Cas12. Его назвали CasØ (фи). Бэнфилд и коллеги предполагают, что обнаруженные ими бактериофаги запускают внутри клетки-хозяйки свою систему CRISPR-Cas, чтобы эффективнее уничтожать другие фаги, которые инфицируют ту же клетку.
Учитывая, что бактериофаги с большими геномами обнаружили в самых разных экосистемах и средах, получается, они весьма распространены в природе. Но кроме этого фундаментального факта у результатов работы есть и практическое применение. Вероятно, нетипичные варианты CRISPR-Cas из крупных бактериофагов лягут в основу новых средств редактирования генома.
Хотя строение вирусов проще, чем устройство клеточных организмов, их геномы весьма разнообразны. Совсем недавно бразильские исследователи описали новые ДНК-содержащие вирусы амеб — яравирусы, 90 процентов генов которых не имеет аналогов среди известных белок-кодирующих последовательностей нуклеиновых кислот.
Светлана Ястребова
Ее произвели макрофаги в верхнем шейном нервном узле
Немецкие и американские исследователи пришли к выводу, что расстройства сна при хронических заболеваниях сердца связаны с нарушением симпатической иннервации шишковидного тела, вырабатывающей мелатонин, связанными с сердцем провоспалительными иммунными клетками. Публикация об этом появилась в журнале Science. У людей и других млекопитающих смену периодов сна и бодрствования контролирует секреция мелатонина, синхронизированная с 24-часовым циклом смены дня и ночи на Земле. Этот гормон вырабатывает шишковидное тело (эпифиз), расположенное в надталамической области головного мозга, в ответ на уровень симпатической иннервации из верхнего шейного узла. Помимо эпифиза и некоторых других органов этот узел иннервирует и сердце. Известно, что при хронических сердечных заболеваниях зачастую снижается уровень мелатонина и возникают сопутствующие нарушения сна, которые негативно сказываются на течении болезни и качестве жизни пациента. Механизмы этого явления изучены не были, при этом они могли бы дать почву для разработки новых методов лечения. Чтобы разобраться в этом вопросе, сотрудники различных научных центров Германии и США под руководством Штефана Энгельхардта (Stefan Engelhardt) из Мюнхенского технологического института изучили посмертные препараты эпифизов семи человек с кардиологическими заболеваниями и девяти без них. Оказалось, что при болезнях сердца значительно снижена плотность аксонов (то есть иннервация) в этой железе. Выяснив это, авторы работы перешли к экспериментам на мышах с двумя искусственно вызванными заболеваниями сердца: перегрузкой левого желудочка давлением путем хирургического сужения аорты и сердечной недостаточностью с сохранной фракцией выброса. Уровень мелатонина у таких животных был снижен, что сопровождалось нарушениями циркадианных ритмов. Генетическая маркировка помогла выявить у них резкое снижение симпатической иннервации эпифиза без нарушения его внутренней структуры и анатомического окружения. Морфометрическое и гистологическое исследование верхнего шейного узла продемонстрировало его значительную гипертрофию с замещением фиброзной соединительной тканью, что свидетельствует о тяжелом, возможно необратимом повреждении органа. Аналогичные изменения исследователи увидели на посмертных препаратах верхних шейных узлов кардиологических пациентов — рубцовая ткань замещала до 70 процентов их объема. При этом степень поражения узла значительно коррелировала со степенью ремоделирования миокарда в результате заболевания. Это подтвердили у живых пациентов с помощью УЗИ, а также обнаружили у них связь размеров верхнего шейного узла с фракцией выброса (функциональным показателем сердечной деятельности). После этого авторы работы выполнили секвенирование РНК одиночных клеток и ядер верхнего шейного узла мышей с кардиологическими заболеваниями, а также иммуногистохимическое окрашивание разных пулов его клеток и нервных связей с эпифизом. Выяснилось, что симпатическая иннервация железы значительно снижалась еще до декомпенсации сердечной недостаточности, и что при этом узел инфильтрирован провоспалительными макрофагами. В нервных узлах, не иннервирующих сердце, подобной инфильтрации не наблюдалось, уровни биомаркеров общего воспаления повышены не были, что свидетельствует о связи этих макрофагов именно с заболеванием сердца. Схожую картину удалось пронаблюдать и в посмертных образцах кардиологических пациентов. Транскриптомное профилирование межклеточных взаимодействий в верхнем шейном узле мышей на ранних стадиях болезни сердца показало, что сильнее всего нарушены связи между макрофагами и симпатическими нейронами, иннервирующими шишковидное тело. Еженедельные инъекции ингибитора макрофагов клодроната в этот узел сразу после операции по сужению аорты предотвращали денервацию железы и снижение уровня мелатонина. Эксперименты по совместному выращиванию клеток на питательной среде, подтвердили, что центральную роль в гибели симпатических нейронов играют активированные провоспалительные макрофаги. В 2020 году французские ученые обнаружили, что если люди засыпают позже привычного времени, то во время сна и на следующий день пульс у них значительно превышает норму. То же происходит и при засыпании на более чем полчаса раньше обычного, однако пульс при этом возвращается к норме уже через несколько часов сна. Годом позже британские исследователи показали, что с наименьшим риском сердечно-сосудистых заболеваний связан отход ко сну между 22 и 23 часами.