В США запустили геномный «Ноев ковчег»

Участники консорциума Genome 10K на ежегодной конференции, которая проходит сейчас в Нью-Йорке, объявили о запуске международного проекта «Геномы позвоночных», его задача - собрать геномы всех 66 тысяч видов позвоночных, живущих на сегодняшний день на планете. Подробнее о целях и задачах проекта рассказывает Gizmodo.

В 2009 году американские биологи Дэвид Хасслер (David Haussler), Оливер Райдер (Oliver Ryder) и Стивен О’Брайен (Stephen O’Brien) основали проект Genome 10К, целью которого было отсеквенировать 10 тысяч геномов позвоночных. На начальном этапе в проекте участвовало 55 ученых из крупных зоопарков, исследовательских центров и музеев. Сначала было непонятно, сколько времени займет собрать геномы достаточного качества. Но с удешевлением и упрощением методов секвенирования стало понятно, что проект выполнит свои задачи через несколько лет. Последние три года участники проекта сравнивали основные технологии секвенирования ДНК и анализа полученных результатов, с тем, чтобы выбрать ту из них, которая позволит создать «платиновые геномы».

Вчера участники Genome 10K объявили о запуске нового проекта «Геномы позвоночных», целью которого будет собрать геномы мужской и женской особи 66 тысяч видов позвоночных животных. В проекте будут участвовать 150 ученых, представляющих 50 организаций из 12 стран. По словам одного из создателей проекта Оливера Райдера, в результате биологи смогут понять причины вымирания видов, в том числе случались ли в истории вида близкородственные скрещивания, «бутылочные горлышки», в результате которых уменьшалось генетическое разнообразие вида или делеции — мутации, который могут «выключить» необходимые для выживания организма гены.

Вместе с объявлением о новом проекте ученые сразу представили первые результаты его работы: геномы 15 видов позвоночных, в том числе исчезающего совиного попугая какапо, эндемика Новой Зеландии, и австралийского утконоса. Эти и все остальные геномы, которые планируют собрать исследователи, будут опубликованы в открытом доступе, в базе данных «Геномный Ноев ковчег».

Участники планируют секвенировать короткие участки геномной ДНК и собирать из них все более длинные последовательности вплоть до целой хромосомы, а затем «склеивать» их с помощью алгоритмов, специально разработанных для проекта.

Ранее исследователи смогли прочитать геном человека на карманном секвенаторе размером со смартфон. Прибор поставил рекорд по самому длинному прочтению молекулы ДНК, он оказался способен секвенировать последовательности длиной до 882 тысячи пар оснований.

Екатерина Русакова