Участники консорциума Genome 10K на ежегодной конференции, которая проходит сейчас в Нью-Йорке, объявили о запуске международного проекта «Геномы позвоночных», его задача - собрать геномы всех 66 тысяч видов позвоночных, живущих на сегодняшний день на планете. Подробнее о целях и задачах проекта рассказывает Gizmodo.
В 2009 году американские биологи Дэвид Хасслер (David Haussler), Оливер Райдер (Oliver Ryder) и Стивен О’Брайен (Stephen O’Brien) основали проект Genome 10К, целью которого было отсеквенировать 10 тысяч геномов позвоночных. На начальном этапе в проекте участвовало 55 ученых из крупных зоопарков, исследовательских центров и музеев. Сначала было непонятно, сколько времени займет собрать геномы достаточного качества. Но с удешевлением и упрощением методов секвенирования стало понятно, что проект выполнит свои задачи через несколько лет. Последние три года участники проекта сравнивали основные технологии секвенирования ДНК и анализа полученных результатов, с тем, чтобы выбрать ту из них, которая позволит создать «платиновые геномы».
Вчера участники Genome 10K объявили о запуске нового проекта «Геномы позвоночных», целью которого будет собрать геномы мужской и женской особи 66 тысяч видов позвоночных животных. В проекте будут участвовать 150 ученых, представляющих 50 организаций из 12 стран. По словам одного из создателей проекта Оливера Райдера, в результате биологи смогут понять причины вымирания видов, в том числе случались ли в истории вида близкородственные скрещивания, «бутылочные горлышки», в результате которых уменьшалось генетическое разнообразие вида или делеции — мутации, который могут «выключить» необходимые для выживания организма гены.
Вместе с объявлением о новом проекте ученые сразу представили первые результаты его работы: геномы 15 видов позвоночных, в том числе исчезающего совиного попугая какапо, эндемика Новой Зеландии, и австралийского утконоса. Эти и все остальные геномы, которые планируют собрать исследователи, будут опубликованы в открытом доступе, в базе данных «Геномный Ноев ковчег».
Участники планируют секвенировать короткие участки геномной ДНК и собирать из них все более длинные последовательности вплоть до целой хромосомы, а затем «склеивать» их с помощью алгоритмов, специально разработанных для проекта.
Ранее исследователи смогли прочитать геном человека на карманном секвенаторе размером со смартфон. Прибор поставил рекорд по самому длинному прочтению молекулы ДНК, он оказался способен секвенировать последовательности длиной до 882 тысячи пар оснований.
Екатерина Русакова
Но сработала только низкая доза
Ученые из США ввели макакам-резус белок Клото. Уровень сывороточного Клото вырос в пять раз после инъекции белка. В итоге обезьяны почти на 20 процентов лучше справились с задачей на память, и эффект не прошел даже после двух недель. Но если на мышах работали разные дозы белка, то макакам хватило 10 микрограмм на килограмм массы тела — большие дозы не улучшали память. Результаты опубликованы в Nature Aging. В конце 20 века ученые открыли белок Клото (Klotho), который назвали в честь древнегреческой богини, прядущей нить жизни. Выяснилось, что мыши с дефектным геном Klotho начинают стареть уже спустя 3–4 недели после рождения, а еще у них развивается остеопороз, атеросклероз и другие патологии, а к двум месяцам они умирают. Мыши, чрезмерно экспрессирующие Klotho, напротив, живут на 20–30 процентов дольше, а их память лучше. Еще сверхэкспрессия белка защищала мозг мышей от повреждений, связанных с болезнями Альцгеймера и Паркинсона. Люди с повышенными уровнями белка тоже живут дольше, их когнитивные способности лучше, а еще у них ниже риск развития деменции и болезни Альцгеймера. В организме синтезируется две формы белка Клото — трансмембранная и секретируемая. В крови еще циркулирует растворимая форма белка, которая получается, когда ферменты отрезают от трансмембранного белка кусок. Растворимая форма может действовать как гормон, влияя на сигналинг инсулина, фактора роста фибробластов (FGF), функцию Wnt и NMDAR. Растворимую форму Клото вводили мышам в виде инъекций, и это повышало синаптическую пластичность, улучшало познание и устойчивость нейронов к старению. Стейси Кастнер (Stacy A. Castner) из Йельской школы медицины и ее коллеги решили проверить, улучшится ли память у нечеловеческих приматов, макаков-резус (Macaca mulatta), если им подкожно ввести белок Клото. Макаки-резус, как и люди, страдают от возрастного когнитивного снижения, хотя и без значительной потери нейронов. Сначала белок Клото макак ученые ввели мышам — в дозировке 10 микрограмм белка на килограмм массы тела. В предыдущих исследованиях такая доза увеличивала синаптические и когнитивные функции мышей. Здесь спустя 4 часа у мышей улучшилась синтетическая пластичность и рабочая память, которую проверяли в У-образном лабиринте. Уровень белка Клото в сыворотке мышей после инъекции увеличился в шесть раз. Затем ученые попытались повысить уровень белка в сыворотке стареющих макак, которым было в среднем около 22 лет (что эквивалентно человеческим 65), до того же уровня. Для этого они вводили макакам разные дозы Клото: от 0,4 до 30 микрограмм на килограмм массы тела. Доза в 10 микрограмм на килограмм повысила уровень сывороточного белка в пять раз. Уровень Клото в человеческой пуповинной крови тоже примерно в пять раз выше, чем в крови взрослых, — поэтому на дозе в 10 микрограмм ученые и остановились. Обезьян учили запоминать расположение отсека с пищевым вознаграждением, и таким образом оценивали их рабочую память. Задачи с нормальной сложностью, в которых было от 4 до 7 отсеков, они выполняли успешно, но не всегда справлялись с повышенной сложностью, когда отсеков было уже от 6 до 9. Уже через четыре часа после однократной инъекции белка Клото макаки стали лучше решать задачу, особенно — ее сложный вариант. Процент правильных ответов в сложной задаче увеличился с 45 до почти 60 (P = 0,0077). Этот эффект сохранялся спустя две недели и не зависел от пола. А вот более высокие дозы — 20 и 30 микрограмм на килограмм массы тела — не привели к когнитивному улучшению у макак, но и хуже не сделали. В отличие от обезьян, на мышей в предыдущих исследованиях высокие дозы белка действовали положительно. Возможно, слишком высокие дозы нарушают метаболизм у нечеловеческих приматов. Авторы предположили, что когнитивного улучшения у людей также можно будет достичь с помощью небольших, физиологических доз гормона. Также ученым еще предстоит выяснить, как сигналы белка передаются в мозг, поскольку введенный в кровь Клото сам не пересекает гематоэнцефалический барьер. Не так давно ученым удалось улучшить рабочую память людей, посветив на мозг лазером — через кожу и череп. До стимуляции люди могли запомнить 3–4 фигуры на картинке, а после — 4–5.