Биологи из Швеции, Дании и США представили полный филогенетический атлас млекопитающих, живших на Земле в течение последних 130 тысяч лет. Атлас содержит информацию о массе тела, ареалах обитания, пищевом рационе животных и их эволюционных взаимосвязях с другими видами. Впервые в подобный атлас включена информация об уже вымерших животных. Описание атласа и принципы категоризации животных ученые представили в статье, опубликованной в Ecology. Вся информация, а также код, необходимый для визуализации собранной информации доступен на GitHub.
Для проведения макроэкологических исследований часто требуется информация о большом количестве различных животных: ареале обитания, типе питания, средней массе тела и эволюционном родстве с другими видами. Собирать такую информацию часто бывает довольно затруднительно, в первую очередь из-за технических трудностей: поиск данных необходимо производить по большому количеству статей, часто они приведены в различных форматах, часто встречаются таксономические противоречия, когда один и тот же вид имеет несколько различных наименований. Кроме того, практически все базы данных не включают в себя информацию об уже вымерших животных, которая часто оказывается крайне важной с точки зрения филогенетических, климатологических или экологических исследований.
Чтобы избежать подобных проблем хотя бы в отношении млекопитающих, группа ученых из Швеции, Дании и США под руководством Сёрена Фаурби (Søren Faurby) из Гётеборгского университета собрали все известные на настоящий момент данные о млекопитающих, живших на Земле в течение последних 130 тысяч лет (то есть начиная с Эемского межледниковья) в единый атлас The Phylogenetic Atlas of Mammal Macroecology (PHYLACINE).
В атласе собрана информация о 5831 виде млекопитающих и включает данные об их образе жизни, пищевом рационе, массе тела взрослых особей, ареале обитания и эндемичности вида, а также о его текущем статусе по данным Международного союза охраны природы. Для каждого из свойств ученые ввели несколько категорий, которые позволяют легче классифицировать млекопитающих с точки зрения их роли в экосистемах. Авторы отдельно отмечают, что впервые им удалось собрать воедино информацию не только о тех видах, обитающих на планете в данный момент, но и о животных, которые к настоящему моменту вымерли.
При этом в атласе приводятся как реальные области, в которых обитают те или иные млекопитающие сейчас, так и более широкий ареал возможного обитания животных, в которых эти виды могли бы проживать, если бы были ограничены только природными условиями, а не деятельностью человека. Также в атлас включена таблица синонимичных названий видов, и информация о филогенетических взаимосвязях между всеми видами — их эволюционные взаимоотношения, наличие родства или общих предков. Чтобы сделать представить эту информацию в более наглядном виде авторы работы разработали алгоритм, позволяющий на основе имеющихся данных составлять филогенетические деревья, ограничивая набор видов, например, общим ареалом обитания.
Все собранные данные, используемые алгоритмы и подробное описание процедуры построения филогенетических деревьев можно найти на сайте проекта. По словам авторов атласа, для макроэкологических исследований его можно использовать уже сейчас.
Точные причины вымирания многих видов до сих пор остаются неизвестными. Однако в случае с животными, которые вымерли совсем недавно, на помощь может прийти генетический анализ. Так, одно из недавних исследований показало, что генетическое разнообразие сумчатых волков начало снижаться еще задолго до заселения мест их обитания людьми. Более подробно о животных, вымерших в последние геологические эпохи и причинах их вымирания вы можете прочитать в нашем материале «Когда ленивцы были большими».
Александр Дубов
Для этого растению понадобилось 15 минут
Японские ученые отследили механизм работы белков семейства LAZY, занимающих ключевое место в восприятии силы тяжести растениями. В покое белки экспонированы на поверхности статолитов — органелл, имеющих высокую плотность и лежащих из-за этого в нижних частях клетки. Но наклон ростков резуховидки Таля приводил к тому, что статолиты перемещались в новые нижние участки клетки, оставляя отпечаток из белков LAZY. Белки, перенесенные с мембраны статолитов на цитоплазматическую мембрану, маркируют новое направление роста и изгиба корня. Исследование опубликовано в журнале Science. У корней большинства высших растений выражен гравитропизм, то есть движение в сторону источника силы тяжести. За гравитропизм корней отвечают клетки-статоциты, входящие в состав корневого чехлика. В них находятся органеллы статолиты — родственники хлоропластов, заполненные крахмалом и лежащие в нижней части клетки из-за более высокой, чем у цитоплазмы, плотности. Статолиты маркируют направление изгиба и роста корня, поскольку клетка экспортирует фитогормон ауксин в ту сторону, куда указывают органеллы, а ауксин вызывает растяжение клеток (по такому принципу поворачиваются растения подсолнечника в течение дня) и стимулирует их деление. Все эти детали были известны еще 50 лет назад, но механизмы, связывающие оседание статолитов и направление транспорта ауксина, за прошедшее время так и не были расшифрованы. Впрочем, было установлено, что белки семейств LAZY и RLD имеют отношение в гравитропизму, ведь корни растений, у которых выключены эти гены, перестают расти вниз. Молекулярные биологи и физиологи растений из нескольких университетов США и Японии при участии Миё Тэрао Морита (Miyo Terao Morita) из Национального института фундаментальной биологии в Окадзаки сосредоточились на изучении работы двух белков семейства LAZY — LZY3 и LZY4 — в корневом чехлике резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana). Анализ аминокислотной последовательности LZY3 и LZY4 показал, что у белков нет трансмембранного домена для заякоривания в мембране, зато есть гидрофобные и положительно заряженные участки для взаимодействия с фосфолипидами внутреннего слоя мембраны. Точечные мутации в этих участках белков нарушали гравитропизм у ростков резуховидки. Поскольку белок с таким строением неспособен прочно фиксироваться в мембране, но при этом критически важен для гравитропизма, то, предположили биологи, он может слабо прикрепляться попеременно к плазматической мембраной и к гликолипидам внешней мембраны статолитов. И действительно, LZY3 и LZY4 были обнаружены на поверхности обеих мембран. Далее ученые при помощи конфокальной микроскопии отследили, как меняется распределение LZY4 в живой клетке после наклона ростков на 90-135 градусов. Уже спустя три минуты статолиты оказывались в нижней части клетки. Через 15 минут обнаружились метки LZY4 на прилежащем участке плазмалеммы, а первые признаки изменения формы корня появились через полчаса с начала эксперимента. Помимо воздействия гравитацией, ученые подвигали амилопласты внутри живых клеток при помощи оптического пинцета, чтобы исключить, что полярность клетки управляется какими-либо другими органеллами, имеющими высокую плотность. Как и в эксперименте с наклоном ростка, через несколько минут флуоресцентная метка, пришитая к LZY4, переходила с пластид на плазматическую мембрану. После оседания LZY на мембране с ним связывались белки семейства RLD, которые, в свою очередь, привлекают на мембрану белки-экспортеры ауксина. Таким образом, японские ученые описали еще один механизм механорецепции живыми организмами. По словам авторов статьи, принцип работы LAZY-зависимых сенсоров, чувствующих направление силы притяжения, но не ее величину, похож на работу «аналогового» инклинометра. Человеческие же проприорецепторы, полукружные канальцы и отолитовые органы работают как акселерометры, детектирующие линейное или угловое ускорение при движении головы, внутренних органов или мышц. Подробнее о принципе их работы можно прочитать в нашем материале «Премия за самочувствие». Градиент ауксина в корне влияет на только на его рост в физиологических условиях, но и, к примеру, на заживление ран.