Американские микробиологи описали неизвестный ранее механизм защиты эукариотических клеток от вирусов. Выяснилось, что эндонуклеаза Drosha, ответственная за формирование микроРНК, умеет выходить из ядра клетки и непосредственно блокировать репликацию РНК-вирусов. Исследование опубликовано в Nature.
Возникновение эукариот и наличие у них внутренних мембранных структур обусловило разнообразие РНК-вирусов. Соответственно, сразу же появилась и необходимость от них защищаться. В настоящее время известно два основных способа эукариотической защиты от вирусов - более ранняя с точки зрения эволюции РНК-интерференция и система защиты с помощью интерферонов, характерная для позвоночных.
РНК-интерференция осуществляется за счет узнавания двухцепочечных чужеродных РНК-структур в клетке и «натравливания» специальных молекулярных машин на другие такие же структуры, в результате чего РНК вирусов разрезается и инфекция блокируется. Интерфероны — белки, которые способны передавать сигнал между клетками в ответ на воздействие патогена, «предупреждая» соседей об опасности и заставляя их переключиться в режим защиты от вирусов (в частности, блокируется репликация нуклеиновых кислот и синтез белков), а также активируя иммунную реакцию.
Ученые обнаружили третий эукариотический механизм борьбы с вирусной инфекцией, который осуществляется с помощью молекул Drosha. Это белок, относящийся к семейству рибонуклеаз III (RNase III), аналоги которого имеются у всех живых организмов. Он задействован в процессах созревания и разрушения многих клеточных РНК, в том числе, это важнейший фактор формирования микроРНК (участвующих, в том числе, в процессах РНК-интерференции), а также, например, рибосомальных РНК.
Выяснилось, что при возникновении вирусной инфекции Drosha способен выходить из ядра, находить чужеродные РНК со «шпильками» и действовать как зажим, стерически препятствуя работе РНК-полимераз. В результате нарушается репликация одноцепочечных (+) вирусов («плюс» в данном случае подразумевает группу вирусов, одноцепочечная РНК которых представлена кодирующей цепью).
Ученые показали, что клетки с выключенным геном, кодирующим Drosha, реагируют на вирус гораздо слабее, и он быстрее размножается внутри них. Это работало именно с одноцепочечными (+) РНК-вирусами, такими, как вирус Синдбис. Последующий анализ показал, что подавление вирусной инфекции с помощью Drosha и его аналогов происходит в клетках растений, членистоногих, рыб, млекопитающих и других организмов, и, по-видимому, является совершенно универсальным и довольно древним способом эукариотической вирусной защиты.
Отдельно стоит отметить, что белки семейства RNase III встречаются в составе некоторых CRISPR-систем (которые являются прокариотической системой защиты от вирусов); кроме того, как мы уже говорили выше, Drosha участвует в формировании микроРНК, задействованных, в том числе, в процессах РНК-интерференции. По-видимому, механизмы защиты от вирусов в ходе эволюции были сложным образом переплетены. Ученые считают, что Drosha вначале был ответственен только за работу с собственными РНК клетки, но умение распознавать РНК позволило ему научиться работать и с чужеродными РНК тоже. В клетках позвоночных, обладающих продвинутой системой интерферонной защиты, Drosha все равно «бросается» на недружественные РНК, подобно собаке, инстинктивно бегущей за брошенной палкой.
А о разработанном для сельского хозяйства «РНК-спрее», подавляющем вирусные инфекции у растений за счет РНК-интерференции, можно почитать здесь.
Анна Казнадзей
Проект получил название Unknome
Британские исследователи представили пополняемую и редактируемую пользователями базу данных белков, в которой они ранжируются по степени того, насколько мало о них известно. Проект призван обратить внимание на подобные белки и ускорить процесс их изучения. Публикация об этом появилась в журнале PLoS Biology. Как известно со времени прочтения человеческого генома, в нем закодировано примерно 20 тысяч белков. Применение протеомного и транскриптомного подхода в прошедшие после этого два десятилетия подтвердило, что большинство из них экспрессируются, и позволило выяснить назначение многих из них. Тем не менее, многие белки до сих пор остаются не охарактеризованными несмотря на то, что значительная их часть эволюционно консервативна и может выполнять критически важные функции. Во многом это связано с тем, что исследователи склонны фокусироваться на уже изученных белках, поскольку такие работы дают более предсказуемый результат. Чтобы систематизировать подход к идентификации и характеризации неизвестных белков, сотрудники Лаборатории молекулярной биологии британского Совета по медицинским исследованиям, Кембриджского и Оксфордского университетов под руководством Мэтью Фримена (Matthew Freeman) и Шона Манро (Sean Munro) создали и выложили в открытый доступ базу данных Unknome (буквально «незном», сокращенное от unknown genome — «неизвестный геном»). Она содержит ортологичные по базе PANTHER и собранные в кластеры последовательности белков человека и популярных модельных животных (таких, например, как кишечная палочка, дрозофила и мышь), взятые из базы UniProt. Им присваивается численная оценка «известности» (knownness) на основании аннотаций в проекте Gene Ontology (GO). Пользователи могут присваивать им свою оценку, исходя из имеющейся информации. Авторы работы оценили пригодность Unknome как основания для экспериментальной работы, выбрав с его помощью набор из 260 белков дрозофилы с неизвестными функциями (показатель известности 1,0 и менее), сохранившихся у людей. Нокдаун некоторых из этих генов с помощью РНК-интерференции приводил к утрате жизнеспособности. Функциональный скрининг остальных указал на участие некоторых в фертильности, развитии организма, передвижении, контроле качества синтезированных белков и устойчивости к стрессу. Выборочное выключение генов с использованием CRISPR/Cas9 определило два гена, отвечающих за мужскую фертильность, и компонент сигнального пути Notch, принимающего участив нейрогенезе, онкогенезе и связанного с различными неврологическими заболеваниями и пороками развития. Исследователи заключают, что тщательная оценка недостаточности знаний о функции гена и кодируемого им белка предоставляет ценный ресурс для поиска направлений биологических исследований и, возможно, стратегий их эффективного финансирования. Иногда на точность генетических баз данных могут влиять весьма неожиданные факторы. В материале «Наследили тут» можно почитать о том, как данные в одной из таких баз оказались испорчены неизвестными паразитами.