Бактериальный тест на устойчивость к антибиотикам перенесли в компьютер

Колония Staphylococcus aureus

Изображение: Janice Haney Carr, Matthew J. Arduino

Ученые из Оксфордского университета разработали программу, которая получает на вход последовательность генома бактерии и выдает, к каким антибиотикам она устойчива, а к каким нет. Она может работать на обычном ноутбуке или планшете и проводит вычисления всего за несколько минут, что должно сделать ее применимой в лечебной практике. Статья, описывающая разработку, опубликована в журнале Nature Communications.

На данной стадии разработки ученые выбрали два вида патогенных бактерий человека: Staphylococcus aureus и Mycobacterium tuberculosis. Исследователи использовали данные об известных вариантах генов этих видов, которые дают бактериям устойчивость к разным видам антибиотиков. Алгоритм поиска этих вариантов был реализован в программе, получившей название Mykrobe Predictor.

По результатам проведенного тестирования точность предсказаний оказалась довольно высокой. Для S. aureus устойчивость к 12 антибиотикам программа правильно предсказывает в 99,1 процентах случаев, а для M. tuberculosis в 82,6 процентах случаев, что, вероятно, связано с меньшей изученностью генетических механизмов устойчивости у этого вида.

Экспериментальное определение устойчивости культуры бактерий к антибиотикам занимает достаточно много времени — от одного дня в случае S. aureus до нескольких недель в случае M. tuberculosis. Учитывая, что секвенирование ДНК бактерий из образцов пациента занимает куда меньше времени, использование Mykrobe Predictor может значительно сократить время подбора подходящих антибиотиков.

Анна Образцова

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl+Enter.