Ученые из Оксфордского университета разработали программу, которая получает на вход последовательность генома бактерии и выдает, к каким антибиотикам она устойчива, а к каким нет. Она может работать на обычном ноутбуке или планшете и проводит вычисления всего за несколько минут, что должно сделать ее применимой в лечебной практике. Статья, описывающая разработку, опубликована в журнале Nature Communications.
На данной стадии разработки ученые выбрали два вида патогенных бактерий человека: Staphylococcus aureus и Mycobacterium tuberculosis. Исследователи использовали данные об известных вариантах генов этих видов, которые дают бактериям устойчивость к разным видам антибиотиков. Алгоритм поиска этих вариантов был реализован в программе, получившей название Mykrobe Predictor.
По результатам проведенного тестирования точность предсказаний оказалась довольно высокой. Для S. aureus устойчивость к 12 антибиотикам программа правильно предсказывает в 99,1 процентах случаев, а для M. tuberculosis в 82,6 процентах случаев, что, вероятно, связано с меньшей изученностью генетических механизмов устойчивости у этого вида.
Экспериментальное определение устойчивости культуры бактерий к антибиотикам занимает достаточно много времени — от одного дня в случае S. aureus до нескольких недель в случае M. tuberculosis. Учитывая, что секвенирование ДНК бактерий из образцов пациента занимает куда меньше времени, использование Mykrobe Predictor может значительно сократить время подбора подходящих антибиотиков.
Анна Образцова